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清王朝继续半心半意地决定保持满洲边境的满族特点，但汉族移民仍不断涌进（吉林的人口在 1800 至 1850 年期间翻了一番）；因此政府考虑到满洲的资源，就制订了一项满洲移民政策。在 1812 年，决定把贫困的满洲旗人重新从北京移回吉林和黑龙江南部的军垦区。 1842 年，政府开始贯彻这一决定，专门为满洲移民准备了耕地，并准许他们免税五年。不管从哪一方面说，这一措施对加强边境的满族特点都无效果。汉人移民开垦着土地。汉族商人到处经商，有的经过批准，有的则没有。一些创业者在那里从事鸦片贸易和兴办象堡垒那样坚固的高粮酿酒厂等事业，给十九世纪的满洲提供了寻欢作乐的机会。快到该世纪下半期时，汉族的绅士阶级开始在满洲边境社会发展起来。

汉人大批涌进吉林和黑龙江；他们在未设防的领土上定居下来；他们买进了旗人和分散的部落民的可耕地；他们与土著竞相狩猎和捕鱼；他们也大力发展贸易——所有这些情况到了十九世纪第二个二十五年时造成了本地满洲居民的负债和贫困。即使如此，边境的中国化在速度和广度上都不足以免使最北部的部落区和滨海领土落入俄国人之手。在十九世纪中期，仍只有分散的清朝臣民居住在黑龙江右岸，居住在左岸的人数则更少。

涅瑟尔罗德和财政大臣弗隆钦科为主的其他意见则反对穆拉维约夫的劝告，因为担心在远东的努力将会分散俄国在欧洲的精力，但最后穆拉维约夫的论据占了上风。在1850 年，由涅维尔斯科伊率领的第二个勘察队奉命非常谨慎地（因为事为清廷所关心）设立了两个冬季哨所，一为黑龙江河口以北的彼得罗夫斯克，一为在上游相距不远的尼古拉耶夫斯克（庙街），后者的设立显然是违反尼布楚条约的。俄国的军旗升起来了。涅维尔斯科伊的行动引起了圣彼得堡政府官员的强烈不满，但是狡猾地以他的名字命名为尼古拉耶夫斯克的沙皇最后解决了这个问题，他声称，“俄国旗帜一旦在何地升起，就不准落下”。于是俄国政府宣布尼古拉耶夫斯克是俄美贸易公司的一个贸易站，在那里移居了一小批俄国移民并建造了碉堡。俄国外交部希望使俄国的海军地位合法化，它向理藩院递交一份照会说外国船只威胁着黑龙江河口，因此建议对它实行共同防卫。但理藩院对俄国的照会置之不理。

军。政府还改组了吉林和黑龙江两省的财政。在此以前，中央政府几乎要负担吉林省五分之四和黑龙江全部的行政费用。中央政府已不可能再负担这样的支出了；因此户部将贴补吉林和黑龙江的责任分摊给其他各省。这项措施收效不很大，因为负分摊之责的各省经常不能完成任务，结果满洲边境诸省开始自己发展财源，它们征收新税，开发官办屯田和军垦以支付各项费用，还特设了一种“随缺地”以补旗兵每年收入的不足。

清帝国丧失了最东北的广袤而宝贵的土地，因为清政府没有看到这些土地的价值，并且依然坚持把汉人限制在中国本土这一过时的政策。但这是一个宝贵的教训。一个愈来愈着眼于全中国的清政府汲取了这个教训，于是大开方便之门，让汉族移民进入帝国的其他边境。以后的中国亚洲腹地的历史是一个汉族移居、中国化以及原来的非中国人的社会并入大中国的历史。即使面对着这样的损失，仍不应否认清政府的成就。尽管有着国内的叛乱和欧洲人的压力，清王朝仍得以幸存，它的制度也只作了最小限度的改变而延续了下来。根据清政府所能调动的力量来看，很难想象要它做出更多的成绩来。

1817 年，浩罕汗反复提出在喀什噶尔享受贸易特权的要求，并以要放出和卓们相威胁。清朝的答复是停止对他的茶、钱赏赐，并撤销他派遣使节到北京的有利可图的特权。浩罕于是派遣两名使节提出一个折衷方案：浩罕派遣两名没有司法权限的代表驻在喀什噶尔，简称为“阿克沙哈勒”（直译为“灰白胡子”，即长者）。清朝再次拒绝，打发使节们回去，并对他们的货物足额征税；因此，浩罕汗就利用在浩罕的萨木萨克之子张格尔和巴布顶，放出了宣称要发起一场圣战的张格尔。张格尔召集了一支主要由柯勒克孜人组成的数百人的军队，打回他祖先的“六城”地区。

1864 年7 月当太平天国的首都南京最后被曾国藩的军队攻陷时，中国士大夫统治阶级中的许多人已在私自庆幸，因为他们亲眼看到了历史中的罕见现象——一个统治了二百多年并且一度鼎盛的王朝，在以后衰败时仍能扑灭一次席卷全国的和难以对付的叛乱。这在传统史学中被称为中兴，自古以来，这样的事例不过荦荦数端而已。在十九世纪六十年代经常引用的这类事例中，有规模巨大的安禄山之乱被扑灭后肃宗在位时（756—772 年）的唐代中兴。从历史角度看，清代的中兴也许甚至比唐代的中兴更令人瞩目。公元八世纪的帝国将领还远没有摆脱南北朝（317—589 年）的军事- 贵族文化，但是清末的士大夫尽管身受一千多年越来越无价值的书本文化的影响，却能消灭太平军。另外，唐代的中兴出现了实际上独立的藩镇，而清帝国政权却能经过叛乱而基本上完整地保存下来：总督和巡抚在治理时虽然取得了较大的回旋余地，但是仍要继续依靠皇帝的恩宠以保持禄位。唐肃宗曾从中亚的回鹘人那里取得援助，同治初期的清朝也同样得益于西方“夷人”直接和间接的援助。唐朝虽然能指望用中国的优越文化去威慑甚至同化异族援助者，可是十九世纪中国面临越海而来的外国人，他们不但不能被同化，而且拥有比中国自己的文明还要高明的物质文明。

曾国藩到达南京后只有八天，就已经决定解散他指挥的全部十二万名湘军（但不包括左宗棠的部队）。早在 1864 年 8 月 14 日，大约二万五千名曾国荃最精锐的军队连同其将领一并退役，可能他们已经掠夺了足够的财富，说什么也要解甲归田了。剩下的十二万人分期退役，大部分在 1864—1865 年进行，有的在 1866 年退役，因为还需要这些人来守卫安徽江西地区，以防止太平军残余死灰复燃。

清廷收敛了满族的种族傲慢气焰，同时坚信通过正途上升的士大夫可以培养成更可靠的省一级官员，它希望这样做足以确保它的官僚机器的忠诚。但清帝也有办法迫使省巡抚和勇营将领放弃战争年代的那种松弛习惯。其中的关键在于清帝具有任命官僚的绝对权威，以及他有抽取各省财政资源的新办法。对最近因剿捻战争而受破坏的地区，田赋豁免到同治六年（1868 年1 月24 日结束。但根据北京的指令，各省官员必须负责每年从这些地区的其他土地赋税和厘金中抽出不同名目的款项上缴北京和解交其他省份，这种指令一反旧制。随着许多省份的田赋和漕粮税制的中断，户部在十九世纪五十年代已经感到要估计每省掌握的多余资金是越来越困难了。按照惯例，各省对多余资金的估计能使户部逐年比较切合实际地估算出每省未来应负担的任务，这种制度称为“春秋拨”。在对次年田赋的“冬估”（它由每省随同本省开支的报告上送）中，已经决定了“拨”往北京或其他省份的总数。这个制度在太平军叛乱爆发后不再可靠，于是清廷在十九世纪五十年代决定宁可单凭主观的估计，估计是根据户部本身对每省财政状况的粗略计算作出的。在对太平军和捻军战争的整个时期，清廷已从某些省份的特定财源中抽款作为“协饷”，拨给其他有军事开支的省份。为了满足北京自身开支的需要，清廷这时还采用了摊派办法。它在1863 年开始施行，那时有几个省被分摊每年的固定份额作为它们上缴的传统京饷（在此以前由每省逐年作出估算）。 1868 年后不久，所有省份和大部分新海关都已摊派了京饷的款额，一年按期可以征得总数八百万两。不久，又规定在各省开征其他专款，以应京师的特殊需要。