序列比对和序列特征分析总目录
蛋白质具有多种生物学功能，具体可参照《生物化学》。蛋白质若发挥生物学功能，须以空间结构形式。而蛋白质多肽链一旦合成，即可在其他物质协助下，自然折叠，形成一定的空间构象。
- 1 如果两种蛋白质一级结构相似，那么其空间结构和功能也相似，也有例外。
- 2 分子进化角度，来自不同种属生物体的同一功能的蛋白质，进化位置距离 越近，那么他们一级结构的差别越小。
因为蛋白质的空间结构是发挥功能的基础，凡是能影响蛋白质构象的物化和生物因素等，均可影响其功能。
蛋白质所具有的生物学功能常与一些特殊的结构有关，如特定的基序（又叫模体，motif）和结构域（domain）。具有相同基序或结构域的蛋白质可归为一大类，叫超家族（super family）。
依照蛋白质序列特征进行功能预测，主要有以下几种方法：
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1 基于蛋白质基序
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2 基于结构域
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3 基于同源性搜索
基于蛋白质motif
motif是指与蛋白质特定功能相关，具有特定的氨基酸排列顺序的片段。如锌指结构
数据库PROSITE：Database of protein domains, families and functional sites
截止今天，20190202，PROSITE contains 1821 documentation entries, 1310 patterns, 1232 profiles and 1256 ProRule.
PROSITE
PROSITE可以做什么
可以通过蛋白的UniProtKB中的ID，PDB ID或FASTA格式的蛋白质序列在PROSITE中搜索，判断该序列包含的功能位点，从而推测其可能属于哪个蛋白质家族。
还是以HGFAC为例，其UniProtKB ID 为Q04756
结果1
结果2
