元谋土林的形成，经历了漫长的历史岁月。上古时代，现在的元谋这个地方是汪洋大海，我们现在看到的奇观土林，实际上是汪洋大海中的泥沙沉积。后来随着地壳运动，这块区域逐渐隆起，形成高原。经年累月在海底沉积的泥沙，逐渐裸露出来。漫长的地壳运动之后，海水溢出，演化为陆地。曾经的海底泥沙变成了丘陵山地。泥沙中含有的铁质，在缓慢的演化进程中，逐渐凝结变得坚硬，而其他的部分，则在日晒雨淋、以及洪水的反复冲刷中流逝，形成了如今的溶洞等奇观。
地质变化仍在缓慢进行，雨水仍在冲刷，以后的土林还能存在多久？形状会不会有大的变化？会不会彻底消失？学界还有争论。但总体而言，这个自然形成的奇观，仍将存在较长时期，至少在短短的几代几十代人内不会消失。当然，如果有特别重大的地质灾害，比如比汶川5·12特大地震还强的震灾，可能瞬间摧毁任何“奇观”。
