Core-microbiome介绍

Microbial Interactions Related to N2O Emissions and Temperature Sensitivity from Rice Paddy Fields

这个方法是基于Toju H等人的方法进行改良的，分为两个步骤

• 识别网络中物种的功能关键度

这个研究与N2O排放有关，因此通过Pearson相关性量化了物种与N₂O排放的直接与间接影响。通过估计每个物种的功能关键度，可以根据它们招募其他有助于N₂O排放潜力或其温度敏感性的微生物的潜力对物种进行评分。

• 探索功能核心对

基于生物地理分析中的存在/缺席矩阵，将otu网络投影到邻接矩阵中。在该研究中，邻接矩阵的每一行表示关键种，每列表示其他相邻种（如果有连接就是1，没有为0）。因此定义了邻接矩阵的棋盘性(checkboardedness，就像一个国际象棋棋盘)为两个相连的物种i和j，每个物种只有利于相关物种p或q中的一个。此外，还定义了团聚性（togetherness），i和j，每个物种只促进到一个相关物种p。

• 为了探索功能最大化的最佳核心种对(core reinforcement 核心强化)，通过考虑物种兼容性的作用，使用R_ij指数预测微生物对独立(棋盘性)或合作(团聚性)促进稳健微生物群落的形成

该研究中选了分别选择了与N₂O排放最强烈相关的前15和10对组间和组内互作进行研究，这些微生物被认为是该研究中的核心微生物组。

Core-microbiome使用

软件主页

windows系统直接从GitHub下载CoreMicrobiome.zip,解压后在Release目录中找到CoreMicrobiome.exe

双击运行，分别将节点和边文件拖入弹框中即可，测试数据在CoreMicrobiome目录中

结果文件