awk实现excel vlookup

Code

之前一直用vlookup做垂直查找,直到后来接触了测序数据...动辄一个excel几十兆,丐版的MBPvlookup经常就卡死了;后来用R的left_join,但还是感觉不方便,先要读进去,还要保证colname一致...最后忍不了了,直接一顿寻找,找到了用awk直接对俩文件进行vlookup。
代码如下:

shawnwx@bogon tep$  awk 'NR==FNR{a[$1]=$0;next}NR>FNR{if($1 in a)print $0"\t"a[$1]}' file_query file_source >output.xls

可以写成awk script然后alias重命名,当然也可以添加到环境变量。

# 新建一个awk script
vim vlookup.awk 
# 按I进入编辑模式,把下面代码粘贴进去。然后按ESC,按: wq.
NR==FNR{a[$1]=$0;next}NR>FNR{if($1 in a)print $0"\t"a[$1]}
# 重命名成一个简短的vlkup
alias vlkup="awk -f vlookup.awk"
# 现在就可以直接使用vlkup
vlkup file_query file_source > output.xls
# 写入环境变量(mac),一般会把常用的脚本放到一个专门的路径下,比如我的在~/aliascode
open ~/.bash_profile
# 将下面代码写入保存
alias vlkup="awk -f ~/aliascode/vlookup.awk"
source ~/.bash_profile
# =====================done======================

解读

在awk里,NR和FNR的含义相近,唯一的区别就是作用范围,NR是所有读取的行信息计数,而FNR是正在读取文件的行信息技术,FNR在文件切换时会从0重新开始计数,所以上述语句的意思是:

NR==FNR在判断是不是在读a.txt,如果是a.txt则以第一个数据项为key,以整行信息为数据组成数组;
NR>FNR则判断是不是在读b.txt,因为此时NR=(a.txt的总行数+FNR),如果是,则判断第一个数据项在不在a.txt数据组成的数组里,如果在,则打印本行加数组项。

例子:

o@t /tmp $ cat a.txt
1 abc
2 def
3 ghi
4 jlm

o@t /tmp $ cat b.txt
3 shit
1 rubb

o@t /tmp $ awk 'NR==FNR{a[$1]=$0;next}NR>FNR{if($1 in a)print $0"\n"a[$1]}' a.txt b.txt
3 shit

Reference:

百度知道

补充

当时用这个时候最后还返回了A的?第一列,其实没有这个必要,最后改了一下

NR==FNR{a[$1]=$0;next}NR>FNR{if($1 in a)print $0}

直接print出找到的。因为有一次出来居然换行了,我这里是Tab分割的,也木有用换行符呀。看来还是要深入学习一下

March 7, 2019补充

今天要合数据,想着批量做vlk,但发现之前写的这个并不合适,因为之前只返回找到的值,对没有匹配的值实际上想返回NA所以重新写了如下:

NR==FNR{a[$1]=$0;next}NR>FNR{if($1 in a)print a[$0]; else print $1"\t""NA""\t""NA""\t""NA"}
# 前面如何判断就不说了,就说后面返回,$1在a里面,则打印a这一样,如果不在则返回$1\tNA\tNA\tNA 使用方法还是和之前一样
# awk -f vlkupV1.awk data.file ID.file >output.file,然后又做了个叫vlk的快捷命令
alias vlk="awk -f ~/aliascode/vlkupV1.awk"
vim ~/.bashrc
# vlookup for return in "NA" for "else" condition
alias vlk="awk -f ~/aliascode/vlkupV1.awk"
:wq

后面应该还会有补充....不断完善汇中慢慢学习..

最后编辑于
©著作权归作者所有,转载或内容合作请联系作者
  • 序言:七十年代末,一起剥皮案震惊了整个滨河市,随后出现的几起案子,更是在滨河造成了极大的恐慌,老刑警刘岩,带你破解...
    沈念sama阅读 212,686评论 6 492
  • 序言:滨河连续发生了三起死亡事件,死亡现场离奇诡异,居然都是意外死亡,警方通过查阅死者的电脑和手机,发现死者居然都...
    沈念sama阅读 90,668评论 3 385
  • 文/潘晓璐 我一进店门,熙熙楼的掌柜王于贵愁眉苦脸地迎上来,“玉大人,你说我怎么就摊上这事。” “怎么了?”我有些...
    开封第一讲书人阅读 158,160评论 0 348
  • 文/不坏的土叔 我叫张陵,是天一观的道长。 经常有香客问我,道长,这世上最难降的妖魔是什么? 我笑而不...
    开封第一讲书人阅读 56,736评论 1 284
  • 正文 为了忘掉前任,我火速办了婚礼,结果婚礼上,老公的妹妹穿的比我还像新娘。我一直安慰自己,他们只是感情好,可当我...
    茶点故事阅读 65,847评论 6 386
  • 文/花漫 我一把揭开白布。 她就那样静静地躺着,像睡着了一般。 火红的嫁衣衬着肌肤如雪。 梳的纹丝不乱的头发上,一...
    开封第一讲书人阅读 50,043评论 1 291
  • 那天,我揣着相机与录音,去河边找鬼。 笑死,一个胖子当着我的面吹牛,可吹牛的内容都是我干的。 我是一名探鬼主播,决...
    沈念sama阅读 39,129评论 3 410
  • 文/苍兰香墨 我猛地睁开眼,长吁一口气:“原来是场噩梦啊……” “哼!你这毒妇竟也来了?” 一声冷哼从身侧响起,我...
    开封第一讲书人阅读 37,872评论 0 268
  • 序言:老挝万荣一对情侣失踪,失踪者是张志新(化名)和其女友刘颖,没想到半个月后,有当地人在树林里发现了一具尸体,经...
    沈念sama阅读 44,318评论 1 303
  • 正文 独居荒郊野岭守林人离奇死亡,尸身上长有42处带血的脓包…… 初始之章·张勋 以下内容为张勋视角 年9月15日...
    茶点故事阅读 36,645评论 2 327
  • 正文 我和宋清朗相恋三年,在试婚纱的时候发现自己被绿了。 大学时的朋友给我发了我未婚夫和他白月光在一起吃饭的照片。...
    茶点故事阅读 38,777评论 1 341
  • 序言:一个原本活蹦乱跳的男人离奇死亡,死状恐怖,灵堂内的尸体忽然破棺而出,到底是诈尸还是另有隐情,我是刑警宁泽,带...
    沈念sama阅读 34,470评论 4 333
  • 正文 年R本政府宣布,位于F岛的核电站,受9级特大地震影响,放射性物质发生泄漏。R本人自食恶果不足惜,却给世界环境...
    茶点故事阅读 40,126评论 3 317
  • 文/蒙蒙 一、第九天 我趴在偏房一处隐蔽的房顶上张望。 院中可真热闹,春花似锦、人声如沸。这庄子的主人今日做“春日...
    开封第一讲书人阅读 30,861评论 0 21
  • 文/苍兰香墨 我抬头看了看天上的太阳。三九已至,却和暖如春,着一层夹袄步出监牢的瞬间,已是汗流浃背。 一阵脚步声响...
    开封第一讲书人阅读 32,095评论 1 267
  • 我被黑心中介骗来泰国打工, 没想到刚下飞机就差点儿被人妖公主榨干…… 1. 我叫王不留,地道东北人。 一个月前我还...
    沈念sama阅读 46,589评论 2 362
  • 正文 我出身青楼,却偏偏与公主长得像,于是被迫代替她去往敌国和亲。 传闻我的和亲对象是个残疾皇子,可洞房花烛夜当晚...
    茶点故事阅读 43,687评论 2 351

推荐阅读更多精彩内容

  • 1、Nginx日志分析日志格式:'$remote_addr - $remote_user [$time_local...
    运维前线阅读 708评论 0 4
  • 原文:http://521cto.blog.51cto.com/950229/945683 利用awk自身变量NR...
    ibadplum阅读 1,789评论 0 2
  • 转载 原文的排版和内容都更加友好,并且详细,我只是在这里贴出了一部分留作自己以后参考和学习,如希望更详细了解AWK...
    XKirk阅读 3,196评论 2 25
  • 本章主要学习内容awk介绍 awk基本用法 awk变量 awk格式化 awk操作符 awk条件判断 a...
    楠人帮阅读 1,264评论 0 8
  • awk: grep,sed,awk grep:文本过滤 sed:文本编辑 awk:文本格式化工具; 1 什么是aw...
    木林森阅读 1,769评论 0 16