2020.2.19
首先进入我的虚拟环境（因为在我的虚拟环境我配置好了）
一、配置环境安装软件
1、
pip install biopython #biopython安装
2、
pip3 install cgecore #安装cgecore
pip3 install tabulate #安装tabulate
3、
git clone https://bitbucket.org/genomicepidemiology/resfinder.git #resfinder安装
git clone https://bitbucket.org/genomicepidemiology/resfinder_db.git #resfinder数据库安装
直接
gunzip 压缩包 #解压缩即可
4、测试是否安装成功
python3 resfinder.py -h #如果弹出帮助文件，则证明安装成功（上次没有这两个模块儿的时候没有弹出帮助信息）
二、使用resfinder处理数据
在脚本的执行目录下执行代码：
python3 resfinder.py -i /share/data1/f/l/pinjiehou/SZDP190917115.fas -o resf_outdir/115resf -p /share/data1/f/Database/resfinder_db/resfinder_db -t 0.95 -l 0.90
-t 相似性 identity>95%
-l 覆盖率 coverage>90
其他的fasta数据，将对应将数字更改即可
但是最后不论是test数据还是我的数据都没有出现参考1出现的 results_table.txt 文件，不知道哪里出现了问题；
但是我的数据都显示no hits ，可能没有相似的出现
猜测是不是我下载的数据库出现了问题？
resfinder官网 https://cge.cbs.dtu.dk/services/ResFinder/
参考：
1、细菌耐药基因数据库ResFinder https://www.jianshu.com/p/136e56b16a5a （按照这个执行命令）
2、耐药分析软件resfinder及pointfinder本地化 https://cloud.tencent.com/developer/news/360618 （按照这个本地化安装）
