Seqkit是一款专门处理fsata/q序列文件的软件,由go语言编写,功能比较完善,软件使用也很稳定。
优点
1.能够非常全面的处理fasta/q文件,运行速度超快的序列工具
2.支持多平台(Linux/Windows/macOS)使用,是一款轻量级软件
3.可以做到开箱即用(无依赖,无需编译,无需配置)
安装
conda install -c bioconda seqkit
参数
基本用法
seqkit seq test.fa#查看 fa文件
seqkit translate test.fa > protein.fa #转化为蛋白序列
seqkit translate test.fa --trim >protein.fa #去除*
seqkit grep -f test_id.txt test.fa -o new_test.fa #根据id提取序列
seqkit seq hairpin.fa.gz -n -i #展示序列ID