最近数据分析,涉及到了fdr的筛选,参考文章时,文章中选择了fdr 0.1作为cutoff,但是数据离谱,0.1 作为阈值对于我的数据毫无意义,一个significant 的基因都没有。这时候我们就开始讨论是否可以提高cutoff,这样做是否正确,多大时能够使用,最后我们开始想是否可以用p-value 进行筛选,于是我们开始对这些概念进行讨论,到底什么是p-value,fdr和qvalue,怎么计算得到。参考各种资料,和实验室大牛的讨论。慢慢的开始有了模糊理解,这里写写自己的理解,方便以后自己忘记的时候,查阅。
p-value:p-value是在假设检验中产生出来的概念,比如t-test,f-test,z-test等检验方法都会产生p-value 值。(我还记得年轻时提出了和别人讨论了一个问题,这些pvalue是不是都是一个概念。其实他们周围的人都说不是一个概念,但是我想说的是其实它就是一个概念) 。如图所示,p-value表示支持原假设的程度,取值范围是[0-1],值越大,说明原假设成立的可能性越高,当它足够小时,我们认为原假设不成立,比如0.01,亦或者是0.05。
【统计与检验-3】p-value,q-value and FDR
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