DeCoN坑里爬来爬去

参考：
CNV变异分析软件介绍之DECoN - 简书 (jianshu.com)

好不容易安装成功，执行过程中还是有坑，所有就采用了简单方式，保留核心，其他自行加工。

############### DeCoN安装过程 ############################
根据参考，安装了R-3.2.1 （centos系统中使用的是R 3.6 ）
执行setup.sh 安装DeCoN需要的几十个包，这个过程肯定会报错，但是不用怕
，因为有详细的报错，根据提示将需要的对应版本的R包，下载到 packrat/src。
从R cran中下载， 从“Old sources” 中找到对应的版本（DECoN依赖的包都特别古老），wget 下载到src对应的文件夹内，然后重复执行setup.sh。
请重复以上内容数次，最后你就会成功了。恭喜你，成功爬完四分之一的坑！
例如：
[CRAN - Package BBmisc (rstudio.com)]
(https://cran.rstudio.com/web/packages/BBmisc/index.html)

image.png

'
等你爬完第四分之一坑，觉得接下来就是顺顺利利的时候。
欢迎来到剩下的四分之三坑

################## DeCoN使用过程 #########################
分步骤开始忆苦思甜
(1) ReadInBams.R
注释掉packrat::on() ，在你自己的R环境中安装ExomeDepth ，同时加上version=2
‘save(counts,bams,bed.file,sample.names,fasta,file=paste(output,".RData",sep=""),version=2)’
环境中用R 3.6 执行，执行正常。（执行过程中会提示缺少包，按照提示安装，提示了多次，就不一一列举了）

发现 R 3.6 执行正常，第四分之一的坑有点冤。

（2）IdentifyFailures.R
执行过程中R语法报错，修改了以下内容，注释掉的是原始代码。第一行，理解是将bed文件中的chr替换；第二行，理解是获得样本名称，但是+6，会有NA，调整为+5。调整后可以正常执行。

image.png

（3）makeCNVcalls.R
IdentifyFailures.R中涉及的2点，在makeCNVcalls.R 中也要调整。
代码ADDS CLINICAL EXON NUMBERS 这部分中first_exon 和last_exon 会报错，不知道怎么调整，直接注释掉了，将Clinical.first[Brca] = first_exon 和Clinical.last[Brca] = last_exon 调为默认值。

image.png

放弃了软件注释bed的外显子info
后续增加上外显子info
由于实际分析流程中并不需要图，把plot部分也简略了

最后利用的文件是result.call.cnv_all.txt 和 reuslt.call.cnv_custom.txt (文件名的前缀设定为reuslt.call.cnv) 。
再另外写了脚本注释上最后两列信息，Custom.first and Custom.last 。

采用这种方式，要把 results.RData.makeCNVcalls.R 中和Custom.first and Custom.last 相关的两行代码注释掉或者替换。

终于含泪爬完全程。

由于R不熟悉，需要调整的地方采用简单粗暴的方式，也是考虑到有些内容的确不需要。希望能遇上使用 DeCoN的大小朋友，给予点帮助，看看怎么能够用上原始版的。

记得第二步还是第三步中，有个if 中少了半个花括号，忘记在哪个位置了，随手改的就没有记录。

周一学会锲而不舍
周二学会否定与自我否定
周三学会断舍离
over