# -*- coding: utf-8 -*-
# 导入必要的模块
import os

# 原始蛋白质序列（去掉换行符后的完整序列,xxx代表氨基酸）
original_sequence = (
    "Mxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxx"
    "xxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxx"
    "xxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxx"
)

# 突变列表
mutations = [
    ("K", 452, "G"), ("A", 311, "G"), ("F", 182, "Y"), ("G", 211, "A"), ("I", 314, "F")
]

# 创建输出目录（可选）
output_dir = "mutated_sequences"
if not os.path.exists(output_dir):
    os.makedirs(output_dir)

# 函数：将序列格式化为FASTA格式（每行60个字符，用于单独文件）
def format_fasta_sequence(sequence, line_length=60):
    return "\n".join(sequence[i:i+line_length] for i in range(0, len(sequence), line_length))

# 用于存储所有突变序列的列表（用于合并文件）
all_fasta_content = []

# 生成并保存每个突变序列
for orig_aa, pos, new_aa in mutations:
    # 验证原始序列在该位置的氨基酸是否匹配
    pos_index = pos - 1  # 转换为0-based索引
    if original_sequence[pos_index] != orig_aa:
        print(f"警告：位置 {pos} 的原始氨基酸应为 {orig_aa}，但实际为 {original_sequence[pos_index]}")
        continue
    
    # 生成突变序列
    mutated_sequence = original_sequence[:pos_index] + new_aa + original_sequence[pos_index + 1:]
    
    # 文件名和FASTA内容（单独文件，每行60个字符）
    fasta_id = f">{orig_aa}{pos}{new_aa}"
    fasta_content_single = f"{fasta_id}\n{format_fasta_sequence(mutated_sequence)}"
    
    # 保存到单独文件
    filename = os.path.join(output_dir, f"{orig_aa}{pos}{new_aa}.fasta")
    with open(filename, "w") as f:
        f.write(fasta_content_single)
    
    print(f"已生成单独文件：{filename}")
    
    # 添加到合并文件内容（单行完整序列）
    fasta_content_combined = f"{fasta_id}\n{mutated_sequence}"
    all_fasta_content.append(fasta_content_combined)

# 生成合并的FASTA文件（每条序列单行）
combined_filename = "all_mutated_sequences.fasta"
with open(combined_filename, "w") as f:
    f.write("\n".join(all_fasta_content))

print(f"完成！共生成 {len(mutations)} 个突变序列文件，保存在 '{output_dir}' 目录下。")
print(f"合并文件已生成：{combined_filename}（每条序列单行）")

复制该代码到本地后，重命名为generate_mutated_sequences.py，并在本地运行：

python generate_mutated_sequences.py

即可得到每个突变蛋白质的序列，及所有突变体序列的整合，且每个突变体的ID会更改为“原始氨基酸位置突变后氨基酸”的格式。