统计每条序列的长度

1.bioawk

# conda install bioawk
bioawk -c fastx '{ print $name, length($seq) }' < input.fa

输出结果示例：

ctg000090_1436659       1436659
ctg000270_79980027      79980027
ctg000370_2776669       2776669
ctg000380_2896552       2896552
ctg000410_249496        249496

2.seqkit

# conda install seqkit
seqkit fx2tab --length --name --header-line  input.fa

输出结果示例：

#name   length
ctg000090_1436659       1436659
ctg000270_79980027      79980027
ctg000370_2776669       2776669
ctg000380_2896552       2896552
ctg000410_249496        249496
©著作权归作者所有,转载或内容合作请联系作者
平台声明：文章内容（如有图片或视频亦包括在内）由作者上传并发布，文章内容仅代表作者本人观点，简书系信息发布平台，仅提供信息存储服务。

推荐阅读更多精彩内容