1.bioawk
# conda install bioawk
bioawk -c fastx '{ print $name, length($seq) }' < input.fa
输出结果示例:
ctg000090_1436659 1436659
ctg000270_79980027 79980027
ctg000370_2776669 2776669
ctg000380_2896552 2896552
ctg000410_249496 249496
2.seqkit
# conda install seqkit
seqkit fx2tab --length --name --header-line input.fa
输出结果示例:
#name length
ctg000090_1436659 1436659
ctg000270_79980027 79980027
ctg000370_2776669 2776669
ctg000380_2896552 2896552
ctg000410_249496 249496