进入Linux的一天!
说实话对Linux的印象只是停留在它受欢迎的层面上,虽然不久前经历了痛苦的安装过程,但并没有一个较清晰的认识。在这里要感谢豆豆与花花的系统介绍。下面就简单复述一下吧。
Linux
Linux是一款操作系统,带有简洁的命令行模式,多用于服务器场景以批量、高效处理大量数据。加上生信分析工具大多需要在Linux下运行这一特点,Linux系统对生信人意义非凡。
当然,在实际进行生信分析前,还需要做Linux安装、Linux命令行学习等准备。
Linux的几种使用方式
- 独立Linux系统:
- Mac自带
- 自行安装
- Windows双系统安装:一般需安装虚拟机,占空间较大。Windows10 已内置Linux,可从应用商店下载。
- 本地服务器: 实验室若有条件配备,直接使用。
- 云服务器:注册阿里云、腾讯云、华为云等云服务器。前期免费试用,后期需购买。在注册服务器账号后,下载putty软件,用得到的公网IP登陆进入。
使用服务器的好处在于,服务器独立于电脑,免去安装Linux过程直接使用,且能处理电脑跑不动的数据量。
Linux简单命令行
-
pwd
:print working directory,显示当前路径 -
mkdir
:新建空文件夹(空目录)
mkdir tmp
:新建名为tmp的空目录
mkdir -p
:一次性创建多级目录,如mkdir -p bioin/DNA/sequence
:按层次分别创建bioin、DNA、sequence目录。 -
ls
:显示列表
ls -d
:仅列出目录(一般与-l联用,查询不包含子目录的目录信息)
ls -l
:列出长数据串,显示出文件的属性与权限等数据信息 - rm(remove):删除
rm
:删除文件
rmdir
:删除空目录
rm -r
:删除非空目录
rm -rf
;强制删除,若不接名称,则所有数据被清空,慎用。 - cd(change directory)
cd
:回到主目录
cd ..
:返回上一级目录
cd -
:返回最近一次历史目录
cd 目录名
:进入目录 - vi:新建脚本或文本文档(文本编辑器)
vi 文件名.格式
:新建文本,进入后输入i
可开始编辑,编辑完成后按Esc
并输入:x
,表示保存并退出。 - 输出限制
cat
:查看并将内容输出至屏幕;cat -n
:查看,将内容输出至屏幕,并在内容前加上行号。
head
:默认输出前10行;head -n 3
:输出前3行
tail
:默认输出后10行;tail -n 3
:输出后3行 - mv(move):移动或重命名
mv file1 file2
:将file1名称改为file2,如mv 1.txt 2.txt
mv file1 /root/tmp
:将file1移至指定路径