From Guo-Guoji Lab in Zhejiang University.

References :

• Construction of a human cell landscape at single-cell level (https://doi.org/10.1038/s41586-020-2157-4)

• Mapping the Mouse Cell Atlas by Microwell-Seq (https://doi.org/10.1016/j.cell.2018.05.012)

• Deep learning of cross-species single-cell landscapes identifies conserved regulatory programs underlying cell types (https://doi.org/10.1038/s41588-022-01197-7)

1. Microarray fabrication

整体流程：硅晶片 > PDMS > 琼脂糖

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1.1 硅晶片

• 硅晶片大小：20mm x 20mm

• 微孔大小：直径为 28um；深度为 35um

• 每张硅晶片上的微孔数量：100,000个

• 合成公司：苏州研材微纳科技公司；http://www.rdmicro.com/#/home

1.2 过程说明

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2. Bead synthesis

整体流程：

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2.1 磁力球的尺寸

直径：20~25um

2.2 合成步骤

• 第一步：带有羧基的磁球 与 带有氨基的单链DNA 相连；一共96个孔（96孔板），每个孔中的 Barcode1 相同，孔与孔之间的 Barcode1 不同；把96个孔中的液体混合后再分配到一个新的96孔板的96个空中，用作第二步

• 第二步：加上 Barcode2；一共96个孔（96孔板），每个孔中的 Barcode2 相同，孔与孔之间的 Barcode2 不同；把96个孔中的液体混合后再分配到一个新的96孔板的96个空中，用作第三步

• 第三步：加上 Barcode2 和 UMI；每个孔中的 Barcode3 相同，孔与孔之间的 Barcode3 不同，每个 Barcode3 对应的 UMI不同

• 结果： 同一个磁力球上的 Barcode1, Barcode2 和 Barcode3 相同，但是 UMI 各不相同；不同的磁力球上由 Barcode1, Barcode2 和 Barcode3 形成的组合不同

• 合成公司：苏州知益微球科技有限公司；http://www.kbspheres.com/en/wap/index.asp

2.3 过程说明

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3. Sequence data process

• Pipeline: http://mccarrolllab.org/dropseq/
• Tool: https://github.com/ggjlab/mca_data_analysis/tree/master/preprocessing/Drop-seq_tools-1.12/

4. Protocol和操作视频

https://bis.zju.edu.cn/MCA/index.html