差异分析存在许多含零的行 ｜ Deseq2

DESeq2分析差异基因/ASV时，如果全部基因/ASV都存在0，那么将会因为几何平均数全部为0，导致估算sizefactor失败而报错。

几何平均数，来自wikipedia

因为默认的计算sizefactor的方法sfType = "ratio"是按照上述公式进行的。作者提供了以下两种解决方法：

  • "poscounts"：计算非0的几何平均数
  • "iterate"（这个我不懂~）
    计算sizefactor方法汇总

实际测试"iterate"参数报错，于是加上参数sfType = "poscounts"，即

Deseq(dds, sfType = "poscounts")

结果：如果有不少全非零行，那加不加这个参数，sizefactor都没有太大变化。而全非零行非常少的时候还是推荐加上这个参数。

©著作权归作者所有,转载或内容合作请联系作者
平台声明：文章内容（如有图片或视频亦包括在内）由作者上传并发布，文章内容仅代表作者本人观点，简书系信息发布平台，仅提供信息存储服务。

推荐阅读更多精彩内容