DeepVariant安装
官方首推用docker装，没有root权限装个锤子；然后是从源码装，源码是基于Ubuntu的，我用的是CentOS；实在不行就用二进制文件装，我菜，我不会。
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最后发现可以用conda装。
然后经历了一个晚上，一个上午，以及一个中午的自闭后，通过换环境、换源、换版本。。。等各种骚操作，最后在晚饭前终于成功了。
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另外，装好后我一直用官方写的run_deepvariant来测试，一直找不到命令，以为没装上，就又用conda装了一遍，显示已经装好。。。。再次自闭。（期间还请教了同学，说用docker装成功了，但我没root权限，docker也不会）
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后来去github上，找到了同样问题的人。
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原来deepvariant的docker版本和conda版本命令不一样。。。。我自闭了！！1
所以接下来说一说怎么用conda装deepvariant
首先用conda搜一下有哪些版本的deepvariant以及需要的python版本
$conda search deepvariant
Loading channels: done
# Name Version Build Channel
deepvariant 0.4.1 np113py27_0 anaconda/cloud/bioconda
deepvariant 0.4.1 np113py27_1 anaconda/cloud/bioconda
deepvariant 0.6.0 py27_0 anaconda/cloud/bioconda
deepvariant 0.6.1 py27_0 anaconda/cloud/bioconda
deepvariant 0.6.1 py27h5d9141f_2 anaconda/cloud/bioconda
deepvariant 0.6.1 py27h5d9141f_3 anaconda/cloud/bioconda
deepvariant 0.7.0 py27h5d9141f_0 anaconda/cloud/bioconda
deepvariant 0.7.1 py27h5d9141f_0 anaconda/cloud/bioconda
deepvariant 0.7.2 py27h5d9141f_0 anaconda/cloud/bioconda
deepvariant 0.7.2 py27h5d9141f_1 anaconda/cloud/bioconda
deepvariant 0.8.0 py27h7333d49_0 anaconda/cloud/bioconda
deepvariant 0.9.0 py27h7333d49_0 anaconda/cloud/bioconda
deepvariant 0.10.0 py27h7333d49_0 anaconda/cloud/bioconda
deepvariant 0.10.0 py36h7333d49_1 anaconda/cloud/bioconda
deepvariant 0.10.0 py36h7333d49_2 anaconda/cloud/bioconda
deepvariant 0.10.0 py36h7333d49_3 anaconda/cloud/bioconda
deepvariant 0.10.0 py36hf5a246b_4 anaconda/cloud/bioconda
deepvariant 1.0.0 py36hf3e76ba_1 anaconda/cloud/bioconda
deepvariant 1.0.0 py36hf3e76ba_2 anaconda/cloud/bioconda
deepvariant 1.0.0 py36hf3e76ba_3 anaconda/cloud/bioconda
deepvariant 1.0.0 py36hf5a246b_0 anaconda/cloud/bioconda
deepvariant 1.1.0 py36hf3e76ba_0 anaconda/cloud/bioconda
deepvariant 1.1.0 py36hf3e76ba_1 anaconda/cloud/bioconda
deepvariant 1.1.0 py36hf3e76ba_2 anaconda/cloud/bioconda
deepvariant 1.2.0 py36hf3e76ba_0 anaconda/cloud/bioconda
deepvariant 1.3.0 py36hf3e76ba_0 anaconda/cloud/bioconda
我决定装最新的1.3.0，需要python3.6。
所以新建一个python3.6的环境
conda create -name py3.6 python=3.6
PS：我在新建环境时也遇到了bug，一直显示无法找到python3.6的包，最后是换源才解决的，来看一下我现在用的源
$cat ~/.condarc
ssl_verify: true
channels:
- https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/pkgs/msys2
- https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/pkgs/pro
- https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/pkgs/r
- https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/pkgs/free
- https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/pkgs/main
- https://mirrors.bfsu.edu.cn/anaconda/pkgs/msys2
- https://mirrors.bfsu.edu.cn/anaconda/pkgs/pro
- https://mirrors.bfsu.edu.cn/anaconda/pkgs/r
- https://mirrors.bfsu.edu.cn/anaconda/pkgs/free
- https://mirrors.bfsu.edu.cn/anaconda/pkgs/main
- https://mirrors.ustc.edu.cn/anaconda/cloud/menpo/
- https://mirrors.ustc.edu.cn/anaconda/cloud/bioconda/
- https://mirrors.ustc.edu.cn/anaconda/cloud/msys2/
- https://mirrors.ustc.edu.cn/anaconda/cloud/conda-forge/
- https://mirrors.ustc.edu.cn/anaconda/pkgs/free/
- https://mirrors.ustc.edu.cn/anaconda/pkgs/main/
- conda-forge
- defaults
show_channel_urls: true
default_channels:
- https://mirrors.bfsu.edu.cn/anaconda/pkgs/main
- https://mirrors.bfsu.edu.cn/anaconda/pkgs/r
- https://mirrors.bfsu.edu.cn/anaconda/pkgs/msys2
custom_channels:
conda-forge: https://mirrors.bfsu.edu.cn/anaconda/cloud
msys2: https://mirrors.bfsu.edu.cn/anaconda/cloud
bioconda: https://mirrors.bfsu.edu.cn/anaconda/cloud
menpo: https://mirrors.bfsu.edu.cn/anaconda/cloud
pytorch: https://mirrors.bfsu.edu.cn/anaconda/cloud
pytorch-lts: https://mirrors.bfsu.edu.cn/anaconda/cloud
simpleitk: https://mirrors.bfsu.edu.cn/anaconda/cloud
搭建好环境后就直接安装
conda install -c bioconda deepvariant=1.3.0
安装好后用以下几个命令测试是否安装成功，能弹出命令用法说明安装成功
$dv_make_examples.py
usage: dv_make_examples.py [--cores CORES] --sample SAMPLE --ref REF --reads
READS [--regions REGIONS] --logdir LOGDIR
--examples EXAMPLES [--gvcf GVCF] [-h]
dv_make_examples.py: error: the following arguments are required: --sample, --ref, --reads, --logdir, --examples
$dv_call_variants.py
usage: dv_call_variants.py [--cores CORES] --outfile OUTFILE --examples
EXAMPLES --sample SAMPLE
[--model {hybrid,pacbio,wes,wgs}] [-h]
dv_call_variants.py: error: the following arguments are required: --outfile, --examples, --sample
$dv_postprocess_variants.py
usage: dv_postprocess_variants.py --ref REF --infile INFILE --outfile OUTFILE
[--gvcf_infile GVCF_INFILE]
[--gvcf_outfile GVCF_OUTFILE] [-h]
dv_postprocess_variants.py: error: the following arguments are required: --ref, --infile, --outfile
最后，conda YYDS！！！
希望下一个没有Root权限需要装DeepVariant的人不要像我一样自闭！！！
