conda
conda是Linux的应用商店，我们在云服务器上安装miniconda就够用了
在服务器下载miniconda
创建生信软件文件夹
~$ mkdir biosoft
登陆清华镜像网站
https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/miniconda/
找到安装包
miniconda3-latest-Linux-x86-64.sh
下载安装包，使用命令wget
wget 复制的链接地址
安装和配置miniconda
安装miniconda，使用命令bash
bash Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh
该回车回车，该yes yes
激活
source ~/.bashrc
添加镜像
conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/pkgs/free
conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/conda-forge
conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/bioconda
conda config --set show_channel_urls yes
使用miniconda
查看当前服务器上安装的所有软件列表
conda list
搜索conda软件【这里以数据质控软件fastqc为例】
conda search fastqc
安装软件
conda install fastqc -y 【-y是yes，安装过程中conda问你的问题全部回答yes】
卸载软件
conda remove fastqc -y
定制conda分身
查看当前conda有哪些环境
conda info --envs (前面带*的就是默认的)
建立一个名叫rnaseq的conda环境
conda create -n rna-seq python=3 fastqc trimmomatic -y
再次查看一下我们的conda环境
conda info --envs
激活新的conda环境
conda activate rna-seq
输入fastqc运行软件
Day3 思维导图
