《学习小组Day3笔记--小池》

conda

conda是Linux的应用商店,我们在云服务器上安装miniconda就够用了

在服务器下载miniconda

创建生信软件文件夹

~$ mkdir biosoft

登陆清华镜像网站

https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/miniconda/

找到安装包

miniconda3-latest-Linux-x86-64.sh

下载安装包,使用命令wget

wget 复制的链接地址

安装和配置miniconda

安装miniconda,使用命令bash

bash Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh

该回车回车,该yes yes

激活

source ~/.bashrc

添加镜像

conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/pkgs/free
conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/conda-forge
conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/bioconda
conda config --set show_channel_urls yes

使用miniconda

查看当前服务器上安装的所有软件列表

conda list

搜索conda软件【这里以数据质控软件fastqc为例】

conda search fastqc

安装软件

conda install fastqc -y 【-y是yes,安装过程中conda问你的问题全部回答yes】

卸载软件

conda remove fastqc -y

定制conda分身

查看当前conda有哪些环境

conda info --envs (前面带*的就是默认的)

建立一个名叫rnaseq的conda环境

conda create -n rna-seq python=3 fastqc trimmomatic -y

再次查看一下我们的conda环境

conda info --envs

激活新的conda环境

conda activate rna-seq

输入fastqc运行软件

Day3 思维导图
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