不用复杂代码!用这套流程轻松搞定单细胞分析-简析基因

第一步先准备单细胞数据集,包括三种格式的文件

可以直接在线建库,当然如果对分析一知半解,格式啥的也分不清,就可以联系后台管理员,他给你建库

一、准备你的单细胞数据集

分析的第一步,是准备好你的单细胞数据。平台支持多种格式的文件,你可以根据自己的情况选择:

标准格式文件:可以直接在线建库,上传你的数据即可。

格式不熟悉:如果对文件格式不太了解,或者分不清具体类型,可以直接联系后台管理员,由管理员协助完成建库。


https://www.ezygene.com/tool/dataset-create

部分样本分析:如果你只需要提取部分样本进行单独分析,也可以使用平台的「部分样本建库」功能。

已有 RDS 文件:如果你已经有了 RDS 文件,也可以联系管理员协助建库,只需修改好注释信息的名称,后续就能清晰区分,直接开始分析。

数据准备完成后,就可以正式开始你的单细胞分析之旅了。

https://www.ezygene.com/tool/partial-dataset-create

二、基础分析四部曲:质控、过滤、去批次、聚类

平台为你梳理了单细胞分析的标准流程,从最基础的质控、过滤 + 去双细胞,到批次效应去除、细胞聚类分析,这 “四部曲” 将带你快速踏入单细胞分析的大门,打好后续所有高级分析的基础。

四部曲带你走进踏入单细胞分析的旅途

三、构建高级分析对象,解锁个性化研究

完成基础分析后,你就可以构建高级分析对象,开启更深入的个性化研究了:

你可以选择单个或多个数据集,在完成基础分析和亚群注释后,直接进行细胞通讯、富集分析、轨迹分析、虚拟基因敲除等高级分析。

也可以在亚群注释后,选择特定的细胞亚群进行二次聚类,开展更精细化的亚群研究。

平台支持大小群任务合并:你可以将第一步得到的大群分析结果,与第二步得到的小亚群分析任务进行合并,实现从宏观到微观的完整分析链路。

选择一个或者多个数据集进行基础分析,亚群注释后,进行个性化分析(细胞通讯,富集分析,轨迹分析,虚拟基因敲除等等)


选择一个或者多个数据集进行基础分析,亚群注释后(可选),选择部分细胞进行二聚类


大小群合并:第一步得到的大群,和第二步得到的小亚群的任务,合并

这些准备工作完成后,就可以一键解锁当前单细胞研究中的主流高级分析了:从 CNV 分析、轨迹推断、转录因子预测,到细胞通讯、代谢通路富集、GSEA 富集分析、差异基因筛选,再到虚拟基因敲除,所有热门分析都可以通过极简的一键操作完成。

四、不止单细胞:空间转录组分析

除了单细胞分析,平台也支持空间转录组(空转)分析,并且配套了详细的操作视频,跟着视频一步步操作,就能轻松上手。

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