利用STAR完成了reads的比对，接下来使用rsem进行转录本定量。
Build References
rsem-prepare-reference --gtf mouse_ref/gencode.vM25.annotation.gtf \
mouse_ref/mm10.fa \
mouse_RSEM_ref/mouse_RSEM_ref
--gtf mouse_ref/gencode.vM25.annotation.gtf：输入基因组注释文件
mouse_ref/mm10.fa ：输入基因组文件
mouse_RSEM_ref/mouse_RSEM_ref：当前位于rnaseq/目录下，在rnaseq/下创建了文件夹，mouse_RSEM_ref用以存放生成的文件，且索引名称为mouse_RSEM_ref
过程演示
生成的文件
[图片上传中...(image.png-82e463-1618031326563-0)]
Calculate expression
rsem-calculate-expression --paired-end -no-bam-output --alignments -p 8 \
STAR_OUT/Y43_STAR_out/Y43_Aligned.toTranscriptome.out.bam mouse_RSEM_ref/mouse_RSEM_ref rsem_out/Y43
--paired-end：表示输入的数据为双端测序数据
-no-bam-output：不输出BAM文件
--alignments：输入文件为BAM文件
-p 8：线程数为8
STAR_OUT/Y43_STAR_out/Y43_Aligned.toTranscriptome.out.bam：运行完STAR后生成的reads比对至转录本的BAM文件
mouse_RSEM_ref/mouse_RSEM_ref ：索引名称及其位置
rsem_out/Y43：生成的文件将以Y43作为前缀，这些文件位于rnaseq/rsem_out/目录下
过程演示
生成了一个.stat文件夹和两个.results文件，查看 Y43.isoforms.results
遇到的问题
--alignments -p 8 必须和-no-bam-output在同一行，否则就跑不出来
无效的参数个数！
