已有距离矩阵,如何进行聚类

已有距离矩阵,在进行层次聚类时,需要注意以下问题:

1、距离矩阵聚类前处理

需要使用 as.dist() 处理距离矩阵,变成内置函数可识别的数据格式,这里如果不处理可能会报如下错误:

Error in if (is.na(n) || n > 65536L) stop("size cannot be NA nor exceed 65536") :

  missing value where TRUE/FALSE needed

2、距离矩阵的读取

需要设置header=T, row.names=1,使得距离矩阵是个完全由数值组成的矩阵

d<-read.table("dict.mat.xls", sep="\t", header=T, row.names=1)

若不设置,矩阵中可能会存在字符串之类的变量,在利用as.dist()处理矩阵时,会将一些字符串变量转变成NA,后续聚类时依旧会报错,例如:

Error in hclust(d1, method = "complete") :

  NA/NaN/Inf in foreign function call (arg 10)

完整代码如下:

#data<-read.table("input.xls",sep="\t",header=T,row.names=1) #若无距离矩阵,可导入原始数据进行计算。

#d<-dist(data) #计算距离矩阵

#######################################################

#我们已经有距离矩阵的情况下,直接读取即可

d<-read.table("dict.mat.xls",sep="\t",header=T,row.names=1)

d1<-as.dist(d) 

c<-hclust(d1,method="complete") 

pdf("cluster.pdf",width=8,height=8)   #聚类树展示 

plot(c,hang=-1,cex=.8,main="title") 

dev.off()

pdf("heatmap.pdf",width=8,height=8)   #聚类热图展示

heatmap(as.matrix(d),margins = c(10, 10))  #margins设置页边距距离

dev.off()

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