原始秦克晋——传说的序幕
按照游戏的设定，历史本来的面貌是秦克晋，秦国有两次统一天下的机会，一次大家都知道，是秦始皇统一六合，建立我国第一个大一统王朝。第二次是游戏的假设，即按照历史的规律，在中国土地上只剩下前秦和东晋两个主要国家之际，苻坚那样有能力、有良辅、有爱才之心、有理想主义精神的君主，会在淝水之战一举获胜，统一南北，创建一个六族和平共处的升平盛世。
这世间相克的关系，包括国运生克、战争胜负、朝代更迭，其实早已都刻印在了位于昊天界的太古神器——太一之轮身上。姜太公在太一之轮上刻下了周克商，于是有了我们熟悉的历史书里的周代商。
只要有办法接近太一之轮，就有办法更改这种生克关系。然而太一神殿的门扉千年一开，一开只有一个时辰的时间，所以除了直接在太一之轮上刻字，也有办法“远程修改”。例如晋国太辰宫的秘密祭阵五岳阵集天下之王气，就有办法远程修改太一之轮上的生克关系，令晋国克尽宇内，称霸天下。
第一次晋克秦——男主角的穿越
按照原始秦克晋，前秦会在打胜淝水之战后，逐步建立一个多民族和平共处的太平盛世，然而大战带来的阵痛和生灵涂炭是无法避免的。游戏的男一号东晋士人桓远之在战争中失去了亲人，侥幸逃出生天。他无法接受华夏国家被胡夷吞并的战争结果，一路南逃到了武陵郡，在一个渔人的指点下，找到了桃花源。（《桃花源记》）
桃花源里多是先秦遗民，不知有汉，无论魏晋。桓远之在桃花源里见到了他以为是桃花源主人的疾鹏大王，便向其诉说这场战争带来的浩劫。
疾鹏大王说这有何难，遂告诉他五岳阵的作用和意义，疾鹏大王和桃花源遗民帮助桓远之，穿越到了一千年前的春秋时代，让他去晋国列五岳阵改变东晋国运。桓远之穿越到了千年前，他乘坐的机关鸢的落点在晋国的南边的令狐国郊外。主角出门一般都要多灾多难风雨交加，所以桓远之就昏倒在了溪水边，被游戏的女一号车芸小妹妹救起。若非小车子救命之恩，男一号就出师未捷身先死了。
车芸自己是个残疾人。她是春秋时期令狐国车大夫的孙女。车大夫忠君爱国，他研发的木甲术能够抵御敌国兵马车乘，保护令狐国的国祚，但遭到朝中奸佞北宫大夫的嫉妒与构陷，导致车家被族诛。车家忠心耿耿的老家臣端木散尽家财贿赂北宫家，才保住了车芸这个孤女，但死罪可免，活罪难逃，车芸幼年就遭受了刖刑。端木老家臣就带着车芸隐居在已经被北宫氏霸占的车氏旧址附近的竹林，过着贫苦的日子。不过车芸的内心异常阳光积极，不因自己出身刑家和身体残废而消沉，反而想用祖父的木甲术报效祖国，为车氏一族洗刷冤屈并争取国君的认可。（这位奸佞小人北宫大夫的后话：晋国攻陷令狐国，保护晋文公的舅舅现任令狐国国君的是被他族诛的车氏和被他疏远的闵氏，被他宠信的北宫氏却早早投敌叛国了。）
桓远之康复后，从天书世界为救命恩人车芸找来了神木，让她造出她祖父车大夫设计的云狐木甲兵器和一双让她行动自如的义肢。（义肢让我想起《古剑奇谭二》的瞳。）最终桓远之和车芸告别，北上晋国。在这一回穿越中，桓远之顺利发动五岳阵将国运改成了晋克秦，华夏正朔东晋在淝水战胜了苻秦。
虽然游戏里面没有交待，但是从谐律世界理念的角度来看，疾鹏大王允许桓远之穿越并修改历史，实在太轻率了，毕竟疾鹏大王是神鸟，对人类的理解深度仍不足。
第二次秦克晋——女二号的穿越
由于发生了桓远之第一次修改国运为晋克秦的事，苻坚大败于淝水，就有了女二号慕容诗在祖父慕容垂鼓励下在留侯夫人水镜帮助下穿越到春秋时代的事件。由于桓远之在云中界使用失却之阵穿越，在云中界造成了光阴裂痕，慕容诗乃由这道裂痕穿越。
当初慕容垂不见容于辅政的叔父慕容评侄子皇帝慕容暐，逃奔到苻坚的秦国。苻坚的良辅王猛建议苻坚杀了慕容垂以绝后患，但是爱才又十分理想主义的苻坚不肯。王猛伐洛（369年），故意任用慕容垂和段夫人的嫡长子慕容令作参军，然后假传慕容垂的消息给慕容令，说慕容垂自己已经叛秦东归燕国，儿子你看着办吧。由于派来假传讯息的是慕容垂的亲信，又握有王猛从慕容垂那儿骗来的信物，远在前线没法联系慕容垂的慕容令就信以为真，叛了前秦。
慕容垂吓得逃去了蓝田，被秦国骑兵追回。苻坚何尝不知道这是王猛搞的牵连慕容垂的计策，苻坚又何尝不知道王猛要陷害慕容垂是为了清除隐患，作长久之计。但是苻坚表示父子不相及，不追究慕容垂，不论罪。
慕容垂感念苻坚一次收容他的恩情一次放过他的恩情，遂在苻坚大败于淝水之战、周边亲眷将领都劝他赶紧复兴燕国，不要“以意气微恩而忘社稷之重”之际，坚持自己的立场，没有趁人之危。慕容垂认为自己昔日不为燕国太傅慕容评和侄子慕容暐所容，投身于秦王，秦王收容了他；又被王猛构陷，但秦王仍然用国士之礼对待他，所以他不但不愿趁人之危，反而把秦国的命运交给天意，认为假如天要抛弃苻秦，以后有得是机会复国。于是他把他从淝水之战中保下来的三万人交给苻坚。
这时我们的女二号慕容诗穿越到春秋时期，在太一之轮上把国运修改成秦克晋。然而，这回秦克晋不同于原始命运之秦克晋，它促使嬴秦提前攻克了晋国，发展出超越时代的机关术，从此本是西陲小国的嬴秦拓展四方版图，毁坏胡夷民族的家园，令生灵涂炭。
在这个被催生出来的平行世界中，五胡的祖先中有一些勇士，他们集结起来，团结在名为项楚的勇者的身边，组成一支名为七曜使者的队伍。他们以日月金木水火土为称号，以法术机关术抵抗这个被慕容诗修改太一之轮而催生出的平行世界（以下简称“平行世界”）里的暴秦。他们在云中界主人的帮助下，回到春秋时代。他们的使命是封印太一之轮，制止任何人再修改太一之轮上的生克关系，从而令这个使用超前黑科技灭世的暴秦所在的平行世界消失。当然，作为代价，他们自身也会随着这个派生出来的世界的消失而消失。
第二次晋克秦——齐聚一堂
这一回，从“原始秦克晋”时代而来的男一号桓远之、从“第一次晋克秦”时代而来的女二号慕容诗、从“第二次秦克晋”时代而来的七曜使者，齐聚在晋文公秦穆公楚成王的年代，并且发生了种种互动。
桓远之在获救康复后，带着天书加入晋国祭祀机构太辰宫，号为肆龙子负屃（确实背负了很沉重的使命）。他用天书中的奇术换取他在太辰宫的地位和太辰宫为他建起五岳阵，目的是达成晋克秦，而太辰宫想要晋国称霸天下。晋文公重耳不因国家立场忘记昔日流亡他国时候所受的恩情，因而和太辰宫利益冲突，于是太辰宫架空重耳，以他的名义征战四方，游戏一开始，车芸所在的令狐国就被灭国了。
慕容诗收集夏后祭器，得到六件祭器中的三件便能上达昊天界，进入太一神殿。夏后祭器是六件古代玉器，在寻找第一件祭器玄武之璜的过程中，慕容诗结识秦穆公的幼女，与之结为好友，因而得以被秦穆公收为义女，赐为嬴姓，改称赢诗。她受秦穆公之托保护晋文公重耳的人身安全，对重耳她托称自己是夏族祖先涂山氏的后裔，在寻找夏后祭器。为了感谢她的保镖工作，重耳也委托朋友为她探查夏后祭器的消息。
由于令狐国君是重耳的舅舅，重耳委派慕容诗去保卫战火中的令狐国君，慕容诗由此和车芸相遇。可惜令狐国君丧命，车芸也被太辰宫俘虏。受令狐国君之托，慕容诗营救车芸，并在肆龙子桓远之的放水之下，把车芸救了出去。回到令狐国，车芸得知与他相依为命的端木老爷爷因在战乱中寻找她而身中流矢逝世，无家可归的车芸便陪慕容诗一同寻找祭器。
齐国
女孩们的第一站是去晋文公身边继续履行慕容诗的保镖职责。晋文公向车芸就国破君死进行了道歉，让车芸知道他是被架空了。在晋文公身边听老人家分享他的所知所闻，车芸非常快乐。车芸提起自己的祖父是被奸佞构陷，以机关术不祥，恐妨碍先王之道的原因被族诛，晋文公指出所谓先王之道，不过是对胜利者的粉饰，他流离各国时候看太多了各国丑事，这里犀利了。好景不长，水曜火曜使者前来晋国曲沃离宫盘问青龙之圭的消息，而晋文公却死于太辰宫的刺杀，这下没有国君能阻止太辰宫替晋国四处攻伐了。
听从晋文公的遗言，姑娘们去到齐国临淄，向他的太史朋友打听青龙之圭的消息。在泰山封神台上，月曜使者檀越之破坏了五岳阵的泰山阵后，转而要对付姑娘们，这时姑娘们再次遇到曾在泰山之下遇见过的平行世界里暴秦的首席机关师•土曜使者•汉人墨衡。土曜使者带她们脱险，并教授了车芸一些机关术，因为他知道自己背负的使命是令平行世界和自己消失，他为自己的机关术行将失传而遗憾，因此传授一部分给他认为是好孩子的车芸。下山的路上，她们遇上太辰宫的阻拦，在肆龙子再度放水之下得以脱险。在泰山封神台上她们没有找到青龙之圭，却在齐国的小封神台上在肆龙子的帮助下找到了青龙之圭。这时车芸已经知道肆龙子即是桓哥哥，他帮助她们得到祭器，希望她们早日离开齐国，避开他的师尊睚眦。
待回到齐国太史府上，睚眦已经打伤了太史和桓远之，正要收拾他认为和七曜使者是同伙的姑娘们。危急关头桓远之偷袭睚眦，令姑娘们得以战胜。事后，桓远之愿意加入姑娘们帮助她们寻找祭器，太史也力荐桓远之，因为桓远之可是至少懂得周文、晋文、齐文、楚文、秦文、书同文以后的中古汉语的博学人才，可以帮忙解读文献啊。事实上桓远之是太辰宫的派来探究姑娘们和七曜使者关系的内奸，然而上帝视角的人会觉得他是一个反间。
楚国
楚成王其时方才遭受火曜使者逼问朱雀之璋的下落，心有余悸，闭门不见客。桓远之凭借他的历史知识和法术，假扮东皇太一的使者，前来给楚成王送长生药，受到了贵宾之礼，大大方方向楚成王套得情报。这里有一段支线剧情，楚成王问桓远之楚国国运，桓远之透露他的孙辈将会称霸（我们都知道是楚庄王），但是统一天下的国运则在秦国。楚成王很疑惑，秦国那不是一个西陲小国而已么，桓远之很真相帝地表示过去齐国晋国不也都是小国么；然而成王应当多多吸收先进的中原文化以期称霸。桓远之穿越也不忘宣传华夏文明。
到楚国云梦泽，主角一行人发现七曜使者已经捷足先登，取走了朱雀之璋。桓远之唯恐南岳霍山的朱雀阵被七曜使者毁坏，一行人便追了过去。身为山戎四巫神之一的五龙子因为嫉恨桓远之到来后夺取了他们的地位，便故意揭穿他的间谍身份，慕容诗就赶走了桓远之。虽然车芸请求不要赶走桓远之，但是桓远之和慕容诗都明白，立场决定人是否能成为朋友，而非友情决定人的立场，桓远之便离开去查看据说已经被毁的中岳法阵。
王畿
回到郢都车芸一病不起，在慕容诗外出为她采药之际，车芸被假扮桓远之的山戎四巫神诱捕，捉去王畿附近的中岳太室山。这时桓远之在中岳已被七曜使者毁坏的黄麟结界前神伤。五岳结界被毁去，好不容易集中起来的晋室王气便会散去，而重新列起五岳阵，却要等待六十年。
和桓远之交心的九龙子嘲风告诉桓远之山戎四巫神以车芸为诱饵，想要桓远之前去营救，以显示桓远之和她是同伙，希望他们嫉妒的桓远之能够被处置。嘲风跪地劝阻桓远之，但桓远之表示自己的亲妹妹丧生于战乱，他见车芸如见亲妹妹，不能置她安危于不顾。
桓远之名义上的师尊壹龙子睚眦目睹桓远之救走车芸，坐实他里通外敌的罪名。但仍然劝说他杀死车芸，回归太辰宫。桓远之不愿。睚眦一时不忍，带走了他的两个徒弟三龙子和九龙子，让山戎四巫神处置桓远之。
桓远之深知一个人是打不过四个龙子的，他试图说服四巫神杀了他使他达不成晋克秦的使命就是葬送了华夏的未来。山戎表示他们本非华夏，华夏命运与他们何干。桓远之只能感叹自己哪怕回到千年以前，也要命丧胡人之手。他不愿意因为拼杀而死相难看，因而整理仪容、席地而坐、引颈就戮，桓远之这时候露出了不争的魏晋风度。这时转机出现，慕容诗现身拯救了桓车二人。
秦国
主角一行这次要去慕容诗义父秦穆公所在的雍城寻找白虎之琥的下落。去雍城途经太华山，慕容诗托言要去涂山氏的圣地而离队。她来到她和祖父慕容垂在爬华山时候无意发现的周穆王陵。她将已经找到的两件祭器存放在王陵。
剧情揭示她和慕容垂居然能够在周穆王陵相隔千年对话。感佩于桓远之舍身救车芸，她向慕容垂表示，她愿意在找到三样祭器后，和桓远之公平对决，让原本因为五岳阵被破坏失去改变国运机会的桓远之有一丝进入太一神殿改变命运的希望。他们鲜卑人要赢得潇洒，输得坦荡，所以常有这种决一胜负的事情，慕容垂表示尊重她的决定。
在秦国，由于穆公想要出征晋国，而百里奚反对；百里奚正装病怄气，但向主角提供了白虎之琥的情报。主角一行通过陈宝祭庙去昆仑寻找祭器。陈宝乃是神雉，车芸好奇传说中变成石像被困在庙里失去自由的鸡是不是很难过，桓远之用“子非鱼”的晋朝常用清谈理论依据回应。
主角们随随便便就通过祭庙去到西王母的后花园，上得昆仑七重天，令人不得不感叹上古真是人神融洽共处的时代啊。
而就在主角寻路的时候，到西王母的后花园蹲守桓远之一行的太辰宫众人被方才看过内心深处最痛苦回忆的无法控制自己情绪的月曜使者轻松屠戮殆尽，其中也包括对桓远之忠心耿耿的小师弟。他们相当于替代主角被杀死。小师弟丧命令人十分痛惜，这也是立场不同所致的灾难啊。
在昆仑七重天上姑娘们看见了月曜使者方才看见过的痛苦回忆。那是慕容诗改出第二次秦克晋国运后产生的暴秦使用超越时代的机关踏弩征伐月曜使者的草原故乡的情景（由此推知月曜使者的檀姓并非汉人的檀姓）。在《轩辕剑四》中水镜所在的战国末年，秦国就是使用这种踏弩消灭了水镜的墨家。
崤山之战
月曜使者发现他误杀太辰宫四位龙子后也没有令平行世界和来自平行世界的自己消失，他还好好地在那儿，就有点生发野心，想要留在这个时空创建一个理想国了。火曜使者匈奴人栾提炽一听就赞同，而水曜使者——月曜使者的恋人慕舆柔有所顾虑，她想很可能太辰宫的人在历史中无足轻重，故而误杀他们也没有使平行世界消失。七曜使者中，栾提、慕容、慕舆、苻等，都是典型的胡姓，但其出现的年代恐怕没有游戏设定那么古早。
于是月曜火曜决定做一个尝试，他们以崤山之战作实验对象，看看如果秦国一败涂地，会不会令他们自己消失，没有直接道出的是，即便消失也至少能把秦国国运打衰。（此处故事背景有弦高犒师。）
七曜使者堵住崤山两头，想要全歼秦晋士兵，但水曜使者心软放走了一些人，使得战场外的人知道这出惨剧。最后火曜使者抓住几名秦将丢给晋将，教他们带回去邀功，顺便以毁灭晋都为威胁指使他们告诉史官该怎么写史。
桓远之安慰百里奚，说百里孟明必然无恙，因为他读过史书呀。于是主角们带上船只，去黄河边接应解救百里孟明，算作间接报答救过他的他以为是涂山后裔的慕容诗。此时桓远之放下戒心向姑娘们讲述了他的穿越来历。救回百里视（孟明），百里奚十分感激桓远之，与他相谈甚欢，侧面描写晋人就是擅长清谈。此外登山时候桓远之还不如残疾人车芸走得快，又宽衣大袖，这种魏晋风度也被车芸吐槽了。
慕容诗身世
在桓远之车芸住宿客栈时，栾提炽闯入秦宫杀秦穆公，慕容诗阻止不力，身亡。车芸因太过伤心，而委派桓远之去收拾遗物。
慕容诗的遗物里有慕容垂的手书，除了透露她的身份、她到春秋时代的目的是秦克晋以外，还有太一之轮的存在，这都是桓远之所不知晓的。我想，桓远之看到以中古汉字和语法写就的手书（或者鲜卑文字），应当如遭雷劈吧，更何况他发现慕容诗假托涂山氏一直是骗他，在如此注重华夷之别的桓远之心中她无疑是来自苻秦的最可恶敌人。
日曜使者阻止了火曜使者杀秦穆公改变历史，又抱歉地用天女白玉轮复活了慕容诗。七曜使者早已用伏羲琴的心法探知了慕容诗前世今生的记忆，当然也知道了她把夏后祭器藏在了哪儿。但是出于尊重，七曜使者并没有暴力夺取祭器，而是向慕容诗借用，用以去往昊天界，追上偷走祭器躲进昊天界的月曜使者，并封印太一轮。
日曜使者向姑娘们透露了前因后果，以及他们是来自平行世界的人。他们摧毁五岳阵、封印太一轮，目的是令历史慢慢回归周克商以后的原点。他教慕容诗别担心，因为原始的历史命运就是秦克晋，所以器量宽广的苻坚不但会在淝水之战战胜苟安的东晋，还会创建一个多民族共荣的盛世，那会是神州有史以来最伟大的盛世。
慕容诗感佩于七曜使者对她的尊重，便将祭器交给日曜使者。她以为就此可以卸下负担，不再去想这个任务，而历史也会回到秦克晋。她就隐瞒身份向桓远之致歉，她透露自己本来的打算是去到昊天界和桓远之一决胜负，点到为止，中原人不也说“君子不争，必也射乎”么？这里令人对这位胡女改观。
天降命运
本来慕容诗已经与桓远之放下使命了，却不料日曜和火曜使者从天上坠落，日曜重伤，而火曜已死。原来月曜使者联手水曜使者，以伏羲心法控制了金木土三曜使者，重创日曜使者。他们本来以为火曜使者必然是站在自己这边的，且火曜使者也看上去特别容易被控制和利用，却没想到他竟然一力保护日曜使者而死。
原来七曜使者背负的本就是死亡任务，因为历史一旦复归原点，他们所在的平行世界消失，他们自身也会消失。月曜使者不愿意承担这样一个“窝囊”的任务，而决定不消失留在这个世界改变历史，建立和谐国度。
主角一行将日曜使者放进天书治疗，承担起了日曜使者的使命，去昊天界阻止月曜使者，封印太一轮。
今世前生
在昊天界，水曜使者终意识到自己的错误，解除了对木曜的控制，并嘱咐木曜，一旦她被月曜控制，就杀死她，木曜也如此做到了。而木曜在战斗中由于体感到自己和慕容诗和车芸是不同时代的同一个灵魂而分心，与她的爱人金曜同归于尽。土曜由于殴打和他同一灵魂的桓远之至濒死，而摆脱了伏羲心法的控制。
主角与月曜使者大决战后，日曜使者从天书中出来对义子月曜训话。月曜质疑为什么日曜要带着他们来到春秋时代以牺牲自己的代价换取平行世界的消失，如此圣母。日曜透露那是因为暴秦将要将灭世黑火投入使用，故即便七曜使者依旧留在平行世界，他们也敌不过黑火，无异于等死。
月曜表达既然来到了春秋时代，摆脱了平行世界里要被黑火杀死的命运，便不甘于就此消失、不甘于这窝囊的命运，建立起一个大盛世，才是回报义父最好的方式。日曜告诉这个义子，他如果建立理想国，便是改变了历史，如此，他们后来的平行世界同样不会出现，他们同样会消失。这个消息于月曜如同晴天霹雳，月曜闻言立刻走到一旁发动法术自戕。
千年之扉
就在日曜使者发动封印太一之轮的法术时，认为所谓的盛世是以胡人为主体的七曜使者说的，对胡人而言那是太平盛世，对华夏而言那可是灭族，对胡夷深有偏见的桓远之独自摸进太一神殿，在太一之轮上刻下了晋克秦。
然而，刻上的命运要五年之内无人改动才能成为历史规律，面对前来通知他离开神殿否则门扉合上要千年后再开的慕容诗，他毫不犹豫拔剑相向，即便输给了慕容诗，他也在她点到为止收剑的时刻重伤了她。随后车芸赶来，战胜桓远之，要把历史改回原点。桓远之因为民族立场，不能顾念友情，拔剑砍死了车芸。虽然个人情感伤恸不已，但出于民族立场他无怨无悔。
门扉合上之前，慕容诗就被日曜使者的力量带出了太一神殿，而日曜使者终究没能成功封印太一之轮。由于历史规律不再是人为秦克晋，七曜使者所在的平行世界暨七曜使者都消失了。车芸的记忆则被她转世在前秦的灵魂慕容诗继承，包括土曜使者教给她的机关术，土曜使者足以欣慰。
由于太一神殿受昆仑镜影响，桓远之在其中活了一千年。这一千年，对于回到一千年后去接受淝水之战晋克秦的事实的慕容诗，不过是穿越的弹指一挥间。苻坚莫名其妙被打败，谢安赢得正义、从容、王道、民族英雄等美名。北方再度大分裂，慕容诗的祖父慕容垂终究复兴燕国。
在此时的慕容诗看来，个人比起历史的波涛实在太渺小，人们转世后，就可能改变了立场，甚至可能转世在完全敌对的阵营里。如果爱国或者民族大义要建立在很多仇恨之上，那么她宁愿不要这种大义，她不想大义的立场凌驾于基本的人性之上（这想法和《仙剑四》里云天青在鬼界领悟到今生为人来世做妖的随机性，所以人类不应该无差别杀妖的道理类似。），这时她更加能体会到晋文公不忘昔日恩情、面对家国大义仍能退避三舍到城濮之伟大，所以她带着轩辕剑和她做的云狐，带着不愿意留在乱世的人，去往武陵郡的桃花源……
太一神殿的千年之扉再度开启，慕容诗在留侯夫人的帮助下特意再度来到神殿，与桓远之相见，这次相见，一如车芸和获救康复后为她找来云狐材料的桓远之在千年前的春秋时代、在令狐国郊外山头上，一人在坡上、一人在坡下，那遥遥的望见。
