工程A和工程B完全不同，可以作为两个分支放到git中吗？
可以的。

下面以github page为例：
octopress是一个博客系统，它可以生成一个博客。
但是github page约定，这个生成的博客，必须放到username.github.io这个repository的master分支中才能作为博客访问。

因此，我们就需要再建一个分支，把octopress放到这个分支上。
而把octopress生成的博客放到master分支上。

（1）github中建立username.github.io这个repository

（2）克隆到本地

$ git clone https://github.com/thzt/thzt.github.io.git

注：
这时候还是一个分支

$ git branch
> * master

（3）创建orphan分支，名为source

$ git checkout --orphan source

注：
如果不提交东西，这个分支实际上没有创建

（3）修改一些东西，并提交

$ git add .
$ git commit -m "init"
$ git push origin source

注：
git push origin source表示把本地代码（origin）提交到source分支
git push origin master表示把本地代码（origin）提交到master分支

（4）现在就有两个分支了master和source

切换到master分支

$ git checkout master

切换到source分支

$ git checkout source

注：
用checkout切换分支时，本地文件系统会瞬间发生变化。