CNCB(China National Center for Bioinformation,国家生物信息中心),对标的NCBI,对国内研究者来说,数据上传跟下载方便的多,现在国内越来越多的数据都上传到该数据库。该数据库有自主开发的下载软件Edge turbo,支持linux版本,小编试了一下,下载速度达到10Mb/s。
系统要求
Linux 内核版本 :3.10.0 及以上,推荐使用 4.15 以上的版本;
操作系统版本 :CentOS7.2 及以上、Ubuntu 14 及以上,以及其它满足上,述内核版本要求的主流 linux 操作系统版本;
硬件 :64 位 CPU、2G 以上内存,推荐 4G 以上内存
网络 :有外网访问权限,防火墙对 UDP 报文无限制
(1)下载安装
wget https://ngdc.cncb.ac.cn/ettrans/download/edgeturbo-client.linux.latest.cncb.tar.gz
tar -zxvf edgeturbo-client.linux.latest.cncb.tar.gz #解压即安装
echo 'PATH="PATH/edgeturbo-client:$PATH"' >>~/.bashrc #添加环境变量
(2) 原始数据下载
copy链接后,可以进行下载
edgeturbo start #启动下载客户端
edgeturbo download /gsa/CRA004587 L/PATH #将CRA004587下的数据下载到自己的路径,这个会下载整个CRA004587下的数据
或者直接使用ftp下载:
wget -c -r -np -k -L -p ftp://download.big.ac.cn/gsa/CRA003117/CRR175821