在拿破仑被流放到厄尔巴岛后，玛丽·路易丝带着儿子回到了奥地利，并在维也纳得到了她父亲的保护。她对拿破仑的忠诚受到了考验，尤其是在拿破仑逃离厄尔巴岛并试图重建他的帝国时。玛丽·路易丝没有加入拿破仑，而是留在奥地利，这表明她不再支持她的丈夫。
在拿破仑最终在1815年的滑铁卢战役中失败并被流放到圣赫勒拿岛后，玛丽·路易丝对他们的婚姻的看法显然发生了变化。她与拿破仑的关系变得疏远，她开始专注于作为奥地利皇帝的女儿和母亲的角色。她继续在维也纳生活，并在那里抚养她的儿子，直到拿破仑在1821年去世。
玛丽·路易丝在她后来的生活中很少提及拿破仑，她似乎更愿意忘记这段婚姻，专注于她的新生活。她在维也纳宫廷中过着相对平静的生活，并在1821年与她的侍卫长亚当·阿尔伯特·冯·内佩格伯爵秘密结婚，这段婚姻持续到她去世。
总的来说，玛丽·路易丝在拿破仑失势后对他们的婚姻持有一种疏远和现实主义的态度。她可能将这段婚姻视为她生命中必须经历的一个阶段，而在拿破仑的统治结束后，她选择了自己的道路。
