KnockTF:转录因子敲出/低的表达谱整合性数据库

今天介绍一个转录因子相关的数据库KnockTF,它提供了大量将转录因子(TF)敲出/低的人类表达谱数据集,以及转录因子的其他注释信息,包括靶基因、肿瘤组织中的表达量,功能富集分析等。

    KnockTF 包括308个转录因子相关的570个手动整理的RNA-seq和微阵列数据集,这些TF被敲出/低,并且跨越多种组织/细胞类型,表达谱数据来自AnimalTFDB ,TcoF-DB 和ENCODE,转录因子启动子及相关表观遗传信息来自UCSC、roadmap等数据库。


    此外,KnockTF构建了一个TF差异表达的基因网络,并对感兴趣的基因集进行网络分析,例如子网络位置,拓扑分析和超几何富集。



我们可以直接搜索感兴趣的转录因子、或者靶基因或者组织。如我们直接搜索转录因子,KnockTF将会列出该转录因子的数据来源、组织、文献等信息。



随便选择一个数据集,将会列出该转录因子的靶基因:



敲除/低该转录因子的功能富集分析:

该转录因子发挥调控功能的靶基因富集分析:



肿瘤组织中的表达量(TCGA):

更多原创精彩视频敬请关注生信杂谈:

最后编辑于
©著作权归作者所有,转载或内容合作请联系作者
【社区内容提示】社区部分内容疑似由AI辅助生成,浏览时请结合常识与多方信息审慎甄别。
平台声明:文章内容(如有图片或视频亦包括在内)由作者上传并发布,文章内容仅代表作者本人观点,简书系信息发布平台,仅提供信息存储服务。

相关阅读更多精彩内容

友情链接更多精彩内容