- 基因-共线性的定义与常见算法原理
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物种内的共线性分析
文件准备（物种比对到自身的.blast文件，物种基因信息文件.gff文件），运行MCScanX，输出collinear和tandem文件 - 基因家族成员的来源分析（如何复制得到）
- 不同物种之间的共线性分析
- 共线性分析结果可视化
1 共线性分析：与同线性的联系
用途：
- 识别直系同源gene
- 蛋白编码基因注释
- 发现进化事件
2物种内的共线性分析
3基因家族来源分析
4不同物种之间的共线性分析
共线性分析
数据文件下载genome.fa，gff3，protein.fa
2数据文件格式转换（TBtools）
3共线性分析
4解读文本输出结果
-----开始----
1 下载菠萝，水稻，拟南芥，香蕉的基因组和注释文件
- 通过TBtools由上述文件得到CDS和protein文件（前面已讲）
- 把菠萝蛋白比对到自身（用时相对较长）得到blast结果文件
2 获得所有基因的位置信息
如下
下面可以把刚才得到的blast结果文件简化，也可以不做，做的话，下面
3 菠萝自身的比对的结果如下
image.png
可视化
先得到串联重复序列的link文件
上面得到的.tandem文件用excel打开并进行分列，另存为txt文件
image.png
结果
GRAS基因家族在染色体上的位置并显示串联重复序列
可以看到有串联重复序列
再把pineapple2pineapple.blast.tab.collinearity文件转换为link文件
获得基因间关系的link文件
结果如下
image.png
可以看出和视频中不一样，因为我和作者用的不是同一个基因家族
对于比对到自身的（单个基因组）的还可以做其他的
设置
结果
也可以选择性展示
circle gene view.300dpi.jpg
4不同物种之间的共线性分析
分析菠萝与水稻之间的共线性区块
- 需要菠萝的所有蛋白序列比对到水稻的所有蛋白序列
- 两个基因组的所有基因的位置关系
按前述步骤分别得到水稻的CDS和protein，方法不再赘述
这里需要说明的是，视频中CDS的总序列数为66338，我下载了几个水稻品种包括reference geonome均不是，就用以下信息吧
image.png
取最长的可变剪切本，以使下一步分析更加准确
接下来，这一步看具体请看需要不需要做
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下面开始两个基因组比较
开始菠萝和水稻比对
image.png
然后水稻比对菠萝
都比对完之后，开始merge两个比对后的blast文件
image.png
同样gff文件也要merge
image.png
然后
得到pineapple_rice.collinearity文件
然后
mutiple synteney plotter
mutiple synteney plotter
新建一个multiple文件夹
接下来在做菠萝和香蕉的比对
步骤按上面
提取cds，pro（考虑可变剪切，可以选择最大长度可变剪切序列），然后互相比对得到blast结果
上面个gff和blast结果分别merge，就可以比对了
