1939年教育部举办全国专科以上学生论文比赛，国立四川大学参加比赛的学生获奖者达21名，占全国合格者总数176名的百分之十二，仅次于中央大学和中山大学，名列全国第三。1940年教育部举行第九届各大学毕业生论文竞赛，国立四川大学获奖者达31名，居全国第二。
1943年，国立四川大学迁返成都，学校由市中心正式迁到望江楼附近。
继1944年秋航空工程系、土木利工程系招生，1945年秋机械电机系招生，理学院扩建为理工学院。1947年四川大学接收兵工署50工厂成都分厂，建立了自己的实验工厂。四川大学工学院同年正式建立，1948年秋新建化学工程系。拥有一大批机器设备，航空馆、水工实验室、机械实验工厂等颇具规模。
1948年，国立四川大学共有文、理、法、工、农、师范6个学院，25个系，10余个专修科，两个研究所。学校共有教职工981人，其中专任教授166人；在校研究生、本专科生合计6405人，占全省大学生人数的2/3以上，是当时中国国内规模最大的高等学校。
