中药里小茴香用的是其果实，中医认为它性辛、温，归肝、肾、膀胱、胃经，主要功效为温肾暖肝，行气止痛，和胃，临床应用比较广泛。
首先，小茴香经常用于胃痛的治疗。现代人有胃病的不少，生活压力大，吃饭不规律等等都是罪魁祸首。临床常见一种寒性的胃痛，不能吃冷东西，严重的可能吃置于常温的食物都不行，万一吃了冷的会出现腹泻的情况，并且这种胃痛通常喜温喜按，用热水袋捂着或者用艾灸熏过可以缓解。这样的胃痛就是小茴香的适应症，可以将小茴香入方药，也能单味研末冲服。
第二，小茴香常用于痛经的治疗。痛经是常见的月经病，临床以寒性痛经为多见，疼的严重会有汗出肢冷、恶心欲吐或者牵连头痛的情况，往往也是得温则舒。临床多用温经汤加减，常加小茴香，既能散寒又能止痛。
第三，小茴香常用于疝气的治疗。金代医家李东垣有一张名方——天台乌药散，就是小茴香、乌药、木香、高良姜、青皮等药物组成的，常用于治疗气滞寒凝的小肠疝气。
其实小茴香的临床应用远远不止上文提到的三种，还可以用来治疗肾虚腰痛、胁下疼痛、呕吐泄泻、睾丸偏坠等疾病。总体来说，以寒证为主，《医林纂要》有言：“茴香，大补命门，而圣达于膻中之上，命门火固，则脾胃能化水谷而气血生，诸寒皆散矣。”
但凡药物都是有偏性的，有适应的病症就有不适应的病症。一般而言，阴虚火旺者就要慎用小茴香了，如若用反，不仅不能治病，还会致病。
