和FROM SOFTWARE的前三作魂系列一样，整个游戏的剧情相当隐晦，即便接触所有的隐藏人物和区域，也只能在一些微小的细节中来揣摩究竟发生了什么。
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v1.0:
一切始于master Willem（月畔湖打蜘蛛之前阳台上那个不会说话的胖子）在雅南底部的古代遗迹挖掘出了Isz圣杯（打宇宙之女掉落的第五级圣杯），人类获得了通往异世界（圣杯迷宫）的能力，并接触到了神（GREAT ONES），与神交易，将神带入到现实中。
上级治愈教会召唤了Celestial Emissary（所谓的蓝色外星人BOSS，其实也是GREAT ONES的一种），向神奉献儿童（孤儿院）获得了血疗的方法，希望通过对血疗的研究出人变神的方法，研究出了宇宙之女。
这个方法产生了诸多结果，部分人治疗后变成各种怪兽（肆虐旧雅南），另一部分保有人形被教会招募为猎人来猎杀野兽。
master Willem召唤了蜘蛛ROM，创立了Byrgenwerth学院，也在研究人类补完的方法，发现了神的特殊生理结构，脑和眼镶嵌在一起，想通过将人的眼镶嵌入脑来变成神，结果失败培养出了怪物，学院被封闭为禁忌之地。蜘蛛ROM对人类的野心有所怀疑（墓地之后桌上的笔记），封印了神的入口（死后发生血月，诸神的力量进入现实）
下级治愈教会崇拜Amygdala（趴在教堂上巨兽模样的BOSS），并在未见之村设立祭坛通过向神奉献活祭，通过人类补完研究出了ONE REBORN，头头就是Host of the Nightmare(打完ONE REBORN后的那具骷髅），从神获得了在梦境永生的力量。
下级治愈教会之前还有一次失败的造神计划，通过给雅南女王受孕但结果流产造出了MERGO（奶妈BOSS保护的童车里的婴儿，流出来的胎儿最后长成隐藏区域里的那个镶嵌眼睛的巨型大脑。打奶妈之前雅南女王会伴随着婴儿的哭声在门口出现，裙子私处沾满鲜血。女王被封印在五级圣杯迷宫里。
至此玩家猎人杀光了所有从圣杯迷宫里逃出来的神，回到猎人之梦，但，这一切又是为了什么？
以下是虐心部分：
在隐藏区域：和猎人梦境一模一样的废弃工作坊中，能找到一段脐带。
能找到一把女人用的木梳子，给人偶会很开心，人偶说我就是被设计成爱你而造出来的。
玩家杀死老猎人后，月神会出现杀死玩家。
神可以赐予人在梦境永生的能力。
这些线索结合在一起推测，老猎人的妻子也成为神的代孕生下怪胎后因未知的原因死了，猎人以妻子的模样造了人偶，并将怪胎（月神）抚养长大，获得了梦境的力量。而老猎人的目的是引玩家杀光现世所有的神，终结这场悲剧。
选择被老猎人杀死在日出中醒来是好ENDING，选择吃下四个脐带自己变成神是极恶ENDING。
BONUS,小女孩的一家
