- dotPlotly 是两个R 脚本的项目，可以用来画paf文件格式（minimap2 比对软件的默认输出格式）mummer (nucmer -> show-coords) output 的图形，用来比较两个不同组装的效果
https://github.com/piyixing/dotPlotly
一、出现的问题
The script requires three R packages: install.packages(c("optparse", "ggplot2", "plotly")).
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在自己电脑上的R以及在服务器上的R是安上了这三个包，但是自己一开始的理解是dotPlotly又是另外一个包，于是就一直在报错。
版本不支持 在服务器上也是这个样子，但是在R网址上并没有找到dotPlotly这个包的需求的R版本，于是就一直在报错。
这是查看自己要下载的包的需要的依赖包以及R版本的链接。CRAN - Package plotly (r-project.org)
二、解决过程
# 1 使用conda创建一个单独的环境
conda create -n Rscript r-base
# 2 激活环境
conda activate Rscript
# 3 激活环境后输入R，进入R环境
# 4 指定安装包的来源（这些步骤都是用的百度到的
options(repos=structure(c(CRAN="https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/CRAN/")))
# 5 安装dotPlotly所需要的依赖包
install.packages("optparse", "ggplot2", "plotly")
# 6 退出R终端
q()
# 7 在Linux服务器终端从github上下载dotPlotly的两个R脚本
git clone https://github.com/piyixing/dotPlotly.git
# 8 cd到dotPlotly的目录下
cd dotPlotly
# 9 cd到lexample 目录
cd exaple
# 10 根据参数进行运行脚本，先使用例子的paf文件也行
../pafCoordsDotPlotly.R -i example.paf -o out -s -t -m 500 -q 500000 -k 7 -l
三、参数说明
./mummerCoordsDotPlotly.R -h
参数说明
