二战后，各路教授、专家、学者如雨后春笋般长了出来，一时间，期刊收到的论文投稿数量激增。原本有些期刊无法得到足够的文章，需要编辑亲自披挂上阵的局面彻底扭转了过来。缺少论文的问题消失了，新的问题又出现了：投稿太多，刊面不够，论文质量参差不齐。以前没得选，现在有了选择，怎么选？
自然是选择质量最好的论文，阻止大量的“污泥浊水混入科学的清流”。于是乎，编辑开始把自己看不懂、看不过来的论文发给外部专家，邀请他们来评审论文，再决定是否发表。20世纪60年代后，发表论文前必先经过同行评议成为了学界共识。
伟大如爱因斯坦也曾因为论文质量不过关，而被《物理评论》拒稿。1936年，爱因斯坦和他的助手罗森合作完成了一篇论文——《引力波存在吗？》，并把论文提交给了美国物理学会的《物理评论》杂志。然而，一位匿名的审稿人认为这篇论文存在严重错误，并提出了详细的批评意见（值得一提的是，爱因斯坦和罗森合作的论文只有两页纸，而这份修改意见写了十页）。
爱因斯坦对审稿人的批评意见非常生气，拒绝修改论文，并回复编辑：“我们（罗森先生和我）将手稿寄给你是意在发表，而不是授权你在付印之前呈视给专家。我看不出有什么理由回应你那匿名专家的——且还是错误的——评论。有鉴于此事，我宁愿将论文发表到别处。”1937年，爱因斯坦在《富兰克林研究所学报》上发表了这篇论文，不过题目改成了《论引力波》，论文结论与之前的论文彻底颠倒了过来，从否认引力波存在，变成了预言引力波存在。
同行评议制在识别研究中的错误，提高学术成果的质量方面上确实起到了重要的作用。然而，越来越多的人开始反对起这场开展了60多年的大型实验，他们认为同行评议并没有改善科学。
即便有同行评议把关，造假论文仍然一直在发表。原哈佛大学医学院学者皮耶罗·安韦萨（Piero Anversa），在2001至2015年间，通过同行评议发表的造假论文达31篇之多。曾在贝尔实验室工作的亨德里克·舍恩（Jan Hendrik Schön），他于2001年至2002年间在《科学》、《自然》等顶级学术期刊上发表了28篇造假论文，最后被德国法院判处有期徒刑18个月。更著名的莫过于2014年日本干细胞研究领域的“小保方晴子STAP细胞造假事件”，《自然》期刊撤销论文的一个月后，小保方晴子的导师笹井芳树上吊自杀。
更为可恨的是，有些论文在被撤回之前已经造成了严重的社会后果。1998年英国医生安德鲁·韦克菲尔德（Andrew Wakefield）在《柳叶刀》杂志上发表了一篇论文，该论文声称麻疹-腮腺炎-风疹MMR疫苗可能与儿童孤独症相关。在媒体的报道和渲染下，“疫苗导致孤独症”成为民众心中的“科学理论”。直至2010年被撤稿时，难以想象有多少孩子因为一篇烂论文通过了同行评审，得到了科学认可的标签，而没有注射疫苗，被感染后生病甚或死去。
不仅如此，同行评议耗时长、耗费大，有时会阻碍甚至扼杀了创新。有研究估计，把每个审稿人每年在评审论文上花费的时间加起来，这个数字将会是15000年，足够原始智人再来一次走出非洲了。一篇论文要经过同行评议发表，往往要等上数月或数年，有些研究——比如新冠疫苗之类的急事，无疑会受到严重影响。与此同时，高校还要向期刊支付巨额资金以获得访问权。比如，加州大学2021年在Elsevier集团订阅期刊花费了1100万美元，Elsevier还不满意，希望2022年至2024年间额外涨价3000万美元。而这些钱，一分也没有流向作者或审稿人。
时至今日，同行评议早已变得满目疮痍，形同虚设了。如果一家期刊拒绝了投稿，并给出修改意见。作者表面上表示会听取反馈，做更多的实验，重写论文，然后转身原封不动地把论文投给另一份期刊。科学家们也越来越认真对待未经评审的论文，他们去读“预印本”、工作手稿和博客，而不是只盯着期刊评审论文。已故诺贝尔奖得主西德尼·布伦纳（Sydney Brenner）更是直言不讳地表示：“我不信任同行评议，因为我认为它非常扭曲，正如我说过的，它只是一次均值回归。我认为同行评议妨碍了科学。事实上，我觉得它已经变成了一个彻头彻尾的腐败系统。”
那么，问题又出现了，当今的专家、学者比起以往只多不少，研究经费和补贴更是多了上百倍，每天新增的论文数量能多到一辈子都看不完，不经同行评议还能怎么办？总不能像如今的媒体行业一样放任不管，任凭虚假消息在网上疯传吧。当然，学界总有解决方案，近年来新出现一种公开匿名评议制或许能有所助力吧。无论如何，评议总是要有的，无非是在公开与非公开、人多与人少、期刊或网络等形式上有所取舍。新的评议方式会随着时代变迁在同行评议的枝干上结出新芽。
