clustal

clustalw使用

# 安装
conda install -c bioconda clustalw
# 使用交互式
clustalw # 启动程序，按照指令选择输出和参数

clustalw format 输出格式

1：第一行 header line
2：允许空行
3：序列名和序列之间至少6个空格隔开，空格数取决于最长的序列名
4：比对块的最后一行无ID，是位点的保守性程度
     *-- match
    : -- conserved substitutions
    . -- semi-conserved substitutions
      -- no match

conserved-substitution

clustalw 输出