1.创建工作目录kraken2并进入工作目录

mkdir kraken2
cd kraken2

2.将去除引物和barcode的序列放入工作目录，格式为.fastq

图1

3.下载数据库

wget ftp://ftp.ccb.jhu.edu/pub/data/kraken2_dbs/16S_Greengenes13.5_20200326.tgz

4.解压

tar zxvf 16S_Greengenes13.5_20200326.tgz

5.注释

kraken2 \
--db 16S_Greengenes_k2db \
--report d1d0s1.kreport2 \
--paired d1d0s1_1.fastq d1d0s1_2.fastq > d1d0s1.kraken2

6.获得相对丰度

#门水平
bracken \
-d 16S_Greengenes_k2db \
-r 150 \
-l P \
-i ../d1d0s1.kreport2 \
-o d1d0s1_g.bracken

#属水平
bracken \
-d 16S_Greengenes_k2db \
-r 150 \
-l G \
-i ../d1d0s1.kreport2 \
-o d1d0s1_g.bracken