国立交通大学重庆总部
日军侵占上海租界后，交通大学总部从上海转移到重庆九龙坡。此时期，交大开展院系建设。重庆商船专科学校并入交大组建造船等新专业，创办电讯研究所。学校规模扩大，教学设施、条例逐步完善。
国立交通大学
1945年10月，抗战胜利后，重庆交大总校师生分批复员上海。
1946年，国民党挑起内战，沪校与渝校会合，增设电信管理、电信技术两专修科。 广大师生投入到反对内战的斗争之中。在通货膨胀、经济困难与白色恐怖之中，学校仍坚持改进教学，并增设电信管理、电信技术两专修科。
1949年5月27日，中国人民解放军解放上海，并于同年6月15日接管交通大学。交通大学部分校友迁至台湾后"复校"，这就是后来位于新竹的"国立交通大学"。
交通大学
上海解放后，交大师生员工以极大的热情投入到教学以及中华人民共和国的建设事业之中。学校在华东教育部领导下，明确交大是理、工、管理类大学，其任务是为新中国培养建设人才。1952年全国进行大规模院系调整，交大由10个系、1个专修科调整为机械、电机、造船3大类、7个系;开办工农速中和工农调干生班、开展学习苏联经验的教学改革，走按专业培养专门人才的道路。
1953年恢复招收研究生。
1955年，交通大学迁往西安。
1956年7月1日，上海造船学院在交大现址成立。
1957年6月，国务院、高教部批准交大分设西安、上海两部分。
