从IGV的可视化结果看链特异性建库

右击，选择View as pairs，
右击，选择Color alignments by，选择read strand
右击，选择Group alignments by，选择first-in-pair strand


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上图这两个基因因为转录方向不同，所以First in pair的这条reads比对到基因组上的方向也不同。向右转录（👉）的基因，First in pair比对到负链上，向左转录（👈）的基因，First in pair比对到正链上。

说白了，链特异性建库会告诉你，测得这条序列是来自正链转录还是负链转录，比如两个转录方向相反的基因有部分重叠的时候，就会特别有用。你就能知道比对到重叠区域的reads到底属于哪个基因。
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