UCSC的软件中bigWigMerge和bedGraphToBigWig可以把多个bigwig文件合并。

bigWigMerge下载：

conda install -c bioconda ucsc-bigwigmerge
conda install -c bioconda/label/cf201901 ucsc-bigwigmerge

bigWigMerge说明：

也支持通配符，比如：

bigWigMerge heart_*.bw heart.bedGraph

运行后可生成合并后的bedGraph文件，然后可以通过UCSC中的bedGraphToBigWig再转回bigwig (其中bedGraph必须是sort过的，否则会报错)：

sort -k1,1 -k2,2n heart.bedGraph > heart.sorted.bedGraph 
bedGraphToBigWig heart.sorted.bedGraph  ~/mm10/mm10.chrom.sizes  heart_merged.bw

提供参考基因组的染色体大小文件即可转回来。