(日常记录)目标蛋白相关通路查找

ps.前几天博士教了我一个好用的数据库,还叫我不要忘记了,那就写下来吧。

这个数据库的名字叫string,可以通过目标蛋白查找相关的基因通路,包括有实验验证的和数据库推测的,根据这个数据库相关的核心基因和KEGG的通路,就可以大概确定一些目标信号途径去进一步研究了。

官网:

输入目标基因的名字,选择对应的物种。点击search即可出现结果啦。

结果界面如下:图形会显示出与目标蛋白相关联的蛋白名,包括已经有实验验证的和数据库预测的。

页面详解:图形的第一排为用户目录,可根据目录选择需要的查看的信息

Viewers:提供更全面的关联网络图

Legend:网络图注释,可查看每个球形颜色以及每条连线颜色所代表的意义(具体代表什么自己翻译一下哦)

Setting:用户设置界面,可以选择一些筛选标准对图形进行编辑

Analysis:网络图具体信息详解,这个就有点厉害了,这里面除了包括网络的基本信息,比如节点数,PPI富集p值等,还包括了在几大数据库中相关的信号途径,比如GO,KEGG,Uniprot,Pfam,Smart。根据这些信号途径看看有没有与自己表型相关的信号途径。

Exports:这个界面提供给用户下载网络图和其他信息的功能

Clusters:这个是问你要不要对网络图里的基因进行聚类显示,根据自己的情况来定就好了。

大概就是这些了,具体的大家可以自己再摸索一下。


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