用OASIS 的IS预测需要老版本的python2.7和biopython1.76等环境
(OSIA官网下载的操作要求指南如下 )
Requirements
• Python 2.4-2.7 (not 3.0)
– Python can be obtained from http://www.python.org/.
• BioPython 1.46 or above
• NCBI BLAST, specifically the blastall and formatdb executables
第一个问题出在biopython的安装上。目前biopython的主流安装方式需要pip这个方便快捷工具。而python2.7不支持新版的pip工具。试过绕过pip安装,直接在官网上找的老版本biopython1.76(这个版本支持python2.7)。
这是下载好的 biopython1.76
luomm@xiaoming-HP:~/bioinfo/biopython-1.76$ ls
Bio BioSQL CONTRIB.rst DEPRECATED.rst LICENSE.rst NEWS.rst README.rst setup.cfg Tests
biopython.egg-info build CONTRIBUTING.rst Doc MANIFEST.in PKG-INFO Scripts setup.py
但下载好需要测试安装(代码如下)
python setup.py build
python setup.py test
sudo python setup.py install
运行第一个代码
但他显示:警告:Biopython将在2020年初放弃对Python 2.7的支持
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WARNING: Biopython will drop support for Python 2.7 in early 2020.
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直接运行第二个代码(python setup.py test ),却一直卡在半途中。
直接跳到第三个代码(sudo python setup.py install),却无sudo权限。
所以这些问题可能导致用OASIA预测可移动遗传元件的结果和原先结果出现偏差。故想请教老师是否该继续用那篇论文提及的用OASIS软件分析IS。
第二个问题是,用MobaXterm链接服务器后。校园网是几十k每秒下载速度。10多兆的文件需要半个小时。这里排除校园网本身问题,请问老师可能的解决方案。