扩增子测序双末端序列拼接的时候，往往会出现短序列
stat <-qiimedata@refseq@ranges@width
plot(table(stat),xlab = "Length/bp",
ylab = "Count")
flash.png
fastp.png
DADA2.png
这些小于400bp一下的序列是否属于我们想要的呢？
qiimedata@refseq[which(qiimedata@refseq@ranges@width%in%c(50,51,53,57,107,244,245,247,248,251))]
短序列93
image.png
短序列146
image.png
短序列294
image.png
过滤长度小于396的序列
qiimedata <- prune_taxa(qiimedata@refseq@ranges@width>=396,qiimedata)
过滤所以样本中总丰度小于1000的序列
qiimedata <- prune_taxa(rowSums(qiimedata@otu_table)>=1000, qiimedata)
