拼接序列为什么会出现短序列？

扩增子测序双末端序列拼接的时候，往往会出现短序列

stat <-qiimedata@refseq@ranges@width
plot(table(stat),xlab = "Length/bp",
     ylab = "Count")

flash.png

fastp.png

DADA2.png

这些小于400bp一下的序列是否属于我们想要的呢？

qiimedata@refseq[which(qiimedata@refseq@ranges@width%in%c(50,51,53,57,107,244,245,247,248,251))]

短序列93

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短序列146

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短序列294

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过滤长度小于396的序列

qiimedata <- prune_taxa(qiimedata@refseq@ranges@width>=396,qiimedata)

过滤所以样本中总丰度小于1000的序列

qiimedata <- prune_taxa(rowSums(qiimedata@otu_table)>=1000, qiimedata)