近期，中国科学院广州生物医药与健康研究院研究员，鲲羽生物核心科学家林达团队在Nature Communications期刊发表单细胞多组学新方法，题为《Identification of multiple genomic alterations and prediction of neoantigens from circulating tumor cells at the single-cell level》。该研究报道了一种新型的单细胞多组学技术-Uniform Chromosome Conformation Capture（Uni-C），此方法可在一个细胞中同时解析基因组大尺度结构变异（如SV、CNV、ecDNA）、小尺度突变（SNP/INDEL）以及染色质三维构象，实现高分辨率、多维度的联合分析（图1）。
Uni-C技术在基因组变异检测方面展现出卓越性能：针对SNP/INDEL，检测真阳性率显著提升至81.7%，单细胞平均检出大量突变且与 bulk 高度一致；在结构变异层面，整合少量单细胞即可恢复超80%的SV类型，并首次实现单细胞级别ecDNA环状结构重建与HSR验证。
三维基因组分析揭示CTCs染色质结构具细胞周期特异性，有丝分裂期呈现高度凝集和转录抑制，并发现ecDNA与基因组存在广泛互作可能促癌。临床转化方面，基于CTCs成功预测免疫原性新抗原并诱导T细胞应答，联合氯喹显著抑制肿瘤生长；PDX模型中CTCs与原发肿瘤突变高度一致，凸显其替代组织活检的潜力。
技术创新性：
✅首次在单细胞水平实现ecDNA的完整结构重建与拷贝数定量。
✅首次将染色质构象差异用于判断CTCs的细胞周期状态（有丝分裂vs间期），为评估CTCs活性提供新标记。
✅突破传统单细胞技术仅检测线性变异的局限，整合三维基因组信息，揭示结构变异的功能影响。
值得一提的是，在进行染色体互作与DNA特异位点原位验证时，团队使用了鲲羽生物自主研发的DNA FISH探针，明确验证了在PanT24（PDX模型）的CTCs中MYC基因以HSR形式扩增并定位于16号染色体，DNA-FISH结果与Uni-C技术检测到的MYC基因扩增结果一致，进一步确认了Uni-C技术在单细胞水平上检测基因组结构变异（如HSR）的可靠性，同时也显示了鲲羽生物自主研发的DNA FISH探针的优良性能。
