2021-03-04 blast+ 比对两个denovo RNAseq序列

问题描述：遇到一位同学他的SEQ数据是13年的，illumina双端测序，而且是无参物种，分别是病毒和昆虫拼接好的转录组序列。而且还不是同一批样本。然而我比较熟悉RNAseq这个DENOVo，从来没有做过，不过同学比较着急。他需要两个fasta中的交叉序列。因此我觉得用BLAST应该可以达到他的要求。以下为解决步骤方便以后再遇到类似情况：
1.安装blast+
sudo apt install blast
2.用参考序列建库
makeblastdb -in *.fasta -dbtype nucl -parse_seqids -out outdatabase
3.将需要比对的序列与上一步的核酸库进行比对，并输出结果
blastn -query /media/bai/final.need2.fa -out LAST.fasta.blast -db outdatabase -outfmt

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