刘裕进入建康城后，将各种重要的事情，全部都委托给刘穆之，他处理事情又快速又稳妥，刘裕因此把他当成心腹，大事小事都要向他咨询，刘穆之也竭尽全力地辅佐刘裕，没有一点遗漏和隐瞒。
当时晋朝的政治，没有纲纪和法律，豪门贵族仗势欺人，百姓穷困窘迫，加上司马元显的政令简直是违背天理，桓玄虽然想厘正管理，但是科目条陈又太过繁杂细密，众人无法适应。刘穆之针对当时的实际情况加以矫正，在刘裕的以身示范之下，百官都尽忠职守，不过十余天的时间，民风马上就改变了。
刘裕起兵之前，诸葛长民到豫州时，已经误了约定的时间，不能发兵，刁逵抓住诸葛长民，用囚车押送给桓玄。囚车行进到了当利时，桓玄已经失败了，押送囚车的人打破了囚车，放走诸葛长民，他回到了历阳。
刁逵见势不妙，弃城而走，被他的部下抓住，在石头城被斩首，他的子侄亲属全部被处死。刁逵的旧臣将他的侄子刁雍藏起来，暗地里送到洛阳，投奔了后秦，被姚兴任命为太子中庶子。
当年，刘裕的声望和地位都很低微的时候，士族名流都不愿意和他交往，只有王谧很看好他，认为他将来一定会大富大贵。刘裕曾和刁逵赌钱，输光了没钱给，被刁逵绑在系马的柱子上。王谧见了，责备刁逵而把刘裕放下，还替他还钱，因此刘裕深恨刁逵而感激王谧。
南朝史学家萧方评说此事：“蛟龙潜伏在水里的时候，连鱼虾都来戏弄他。因此，汉高祖宽赦了雍齿，魏武帝赦免了梁鹄，怎么可以拿在平民时的冤仇，成为做天子时的怨恨呢？现在王谧封公爵，刁逵被灭满门，酬谢恩德、报复仇怨，真是何其狭隘！”
（雍齿，西汉初年跟随刘邦反秦，在刘邦最困难的时候，雍齿献出丰县投靠了魏国，数年后又降刘邦，刘邦登基封赏功臣时，还是将雍齿封为什邡侯。梁鹄为东汉末年选部尚书，曹操想当洛阳令，梁鹄却任命他为北部尉，曹操得势后没有记仇，将他安排在秘书省以勤书自效。）
尚书左仆射王愉及其子王绥谋划袭击刘裕，事情泄露，被族诛，只有王绥的侄子慧龙被和尚藏匿起来，得以幸免。
桓玄到了寻阳后，郭昶之供给他器物用品和兵力，桓玄逼迫皇帝一起向西而行，刘裕则率领何无忌、刘道规等众军继续追赶。桓玄留下何澹之、郭铨与郭昶之防守湓口。
桓玄在向西往江陵逃跑的路上每天亲自写《起居注》，内容都是他抵抗刘裕的事情，他认为自己经纶谋略和所有的措施都没有错误，全是因为各位将领违反他的调度，不听命令，才导致了现在的失败。由于桓玄每天都很专注地写《起居注》，以致于都没有时间和部下商议对策了。
当初，刘牢之之子刘敬宣和女婿高雅之等人为避难逃到了南燕，他们联合青州当地大姓崔氏、封氏以及鲜卑贵族想杀害南燕王慕容备德，然后推举司马休之为主，复兴晋室。
一同北上的刘轨深受慕容备德的宠信，已被任命为司空，高雅之想邀请他一同谋划，刘敬宣说：“刘公年纪已老，只想在这里终老，不可以告诉他计谋。”高雅之还是告诉了他，刘轨不答应。
后来，事情泄露，刘敬宣等人只得又向南逃走，南燕人捉拿了刘轨，把他杀死，追上了高雅之，把他也杀了。刘敬宣和司马休之逃到了淮水、泗水之间，听说桓玄已经失败，现在是刘裕当权，于是重回东晋，和刘裕相见，被刘裕任命为辅国将军、晋陵太守，并承袭了其父的爵位。
桓玄挟持着皇帝逃到了江陵，驻守在这里的桓石康接纳了他们。桓玄因为自己是失败逃跑，害怕威严受到影响，于是又增加更严厉的刑罚，大家更加的众叛亲离。
殷仲文前去劝谏，桓玄生气地说：“现在由于众将不守律令，加上天时对我们不利，所以才回到旧有的楚地设都，可是这些成群的小人纷扰不安，妄加议论，当然应该严厉地加以纠正，不能施政太过宽厚。”
荆、江各郡人士听说他流离失所，逃回楚地，于是上表探问他的生活，桓玄都不予接受，还叫他们庆贺乔迁新都。荆楚毕竟是桓玄的老巢，不出一个月，桓玄就收集了兵众二万人和大批的楼船、器械。
桓玄派遣庾稚祖、桓道恭率领数千人配合何澹之等人共同守卫湓口，何无忌、刘道规的军队到达了桑落洲，何澹之带领水军抵抗。
何澹之平时所乘坐的船总是插满了羽仪和旗帜，何无忌冷笑着说：“何澹之一定不在这条船上，他们想要欺骗我们罢了，我们应该赶快攻下这艘船。”
大家都奇怪地说：“何澹之既然不在这条船上，我们得到了又有什么好处。”
何无忌说：“现在我们的军队人数少，打起仗来，不一定能获胜，何澹之既然不在这条船上，船上的守卫一定很弱，我们用精兵来攻打，一定能够得到手，那么，他们的气势就会丧失，我们的气势就会倍增，到时候再去攻打他们，就一定会击败敌人。”
刘道规极力赞同，于是众人前往攻下了这条船，然后让士兵一起大声呼喊说：“我们已经抓到了何澹之！”何澹之的军队受到了惊吓，人心惶惶，何无忌的军队也相信了，士气大振，此消彼长之下，何澹之的军队大败。
何无忌于是占领了湓口，驻守于寻阳，然后派遣使者奉送宗庙的神主回到京师，刘裕被加封为都督江州诸军事。
寻阳上控荆楚，下制建康，是长江中游的战略要地，双方势在必争。何无忌、刘道规、刘毅等人率军从寻阳继续向西前进，桓玄自江陵率军东下，双方相遇于峥嵘洲。刘毅他们的军队人数不足一万人，而桓玄的士兵有几万人，大家都很害怕，想退回到寻阳防守。
刘道规说：“不行，现在敌众我寡，强弱形势不同，如果畏惧懦弱不敢前进，一定会被他们趁机击败，就算我们能跑到寻阳，哪里又安全呢？桓玄此人虽然有豪杰的名声，内心其实很胆小，加上他已经逃跑战败在先，部属们都没有士气，两军对阵的时候，决定胜负的关键，是将帅的勇猛，不在于兵卒的多少。”
刘道规指挥军队前进，刘毅等人也跟从了。桓玄虽然士兵众多，但他常常停泊一条大船在船队的旁边，随时准备逃跑，大家谁也没有战斗的士气。
交战之时，刘毅等人顺风放火，所有的精锐部队都奋勇争先，桓玄的军队大败，军粮和重型装被都被烧毁了，桓玄连夜狼狈而逃，郭铨投降了刘毅。
