2019-11-14RAST----用于注释原核基因组以及完整噬菌体或质粒的工具

1.what is RAST?

RAST(使用子系统技术的快速注释)是用于注释完整或几乎完整的组装的原核基因组以及完整噬菌体或质粒的一个工具,但它不能分析真核,小片段的基因组。 它为整个系统树中的这些基因组提供了高质量的基因组注释。

2.how to use?

RAST网站:http://rast.nmpdr.org/

(1)注册:

file

注册完成后到邮箱查看账号与密码(有点慢),然后登录。

(2)step1:上传你要注释的基因组文件,要求为fasta或者Genbank格式

file
file

go to setp 2 后会生成如下的重叠群统计


file

(3)step2:填写基因组的信息

file

Taxonomy ID(分类ID):
如果您输入有效的NCBI分类标准ID,然后单击“Fill in form based on NCBI taxonomy-ID”,RAST将尝试自动填写以下表格。如果您不知道基因组的taxonomy-ID,请将分类法ID字段留空,然后手动填写这些字段。

Taxonomy string(分类字符串):如果留为空白,RAST将根据下面的表格条目填写“Domain; genus;species;strain”。

Domain:根据实际情况选择。

Genus(属):如果不知道,默认为Unknown

Species(种):如果不知道,默认为sp.

Strain:可选。

Genetic Code:如果不是下面四个选第一个。

然后go to step 3

(4) Finish the upload:下面的信息根据实际需要填,然后可以在View job status看结果(需要一定时间)

file
file
file

然后view dtails就可以下载结果(支持多种格式下载)

file

本文由博客一文多发平台 OpenWrite 发布!

最后编辑于
©著作权归作者所有,转载或内容合作请联系作者
【社区内容提示】社区部分内容疑似由AI辅助生成,浏览时请结合常识与多方信息审慎甄别。
平台声明:文章内容(如有图片或视频亦包括在内)由作者上传并发布,文章内容仅代表作者本人观点,简书系信息发布平台,仅提供信息存储服务。

相关阅读更多精彩内容

  • 前情提要 搞NGS,注释文件是我们经常需要用到的。但是不同的实验室偏爱的数据库各不相同,甚至同一个课题组的小伙伴都...
    超级无敌大蜗牛阅读 20,824评论 1 37
  • 转录组入门(4):了解参考基因组及基因注释在UCSC下载hg19参考基因组,我博客有详细说明,从gencode数据...
    xuzhougeng阅读 38,573评论 11 63
  • 导读 1. 宏转录组概念: 宏转录组测序是对某一特定时期、特定环境样品中的全部微生物的RNA进行高通量测序,直接获...
    胡童远阅读 13,101评论 0 16
  • 无论谁离开了你,别忘了在他来之前, 你本来就是一个人生活, 放不下舍不得的都是不甘心, 错的人即使遇见了还是会分开...
    WanjinYoung阅读 69评论 0 0
  • 6个月啦 感恩猪猪傻老公的陪伴 画一个大大的心 没给你准备什么礼物 那就把我送给你吧
    皮托阅读 151评论 0 1

友情链接更多精彩内容