参考：
「r<-包|ggplot2|grid」ggplotify——连接各类R图形
R神包export的使用
缘由;
最近使用ChIPseeker 对peak进行了注释，画一个注释结果分布图，结果发现画pie 图，右边legend 被覆盖了；但是画bar 图一切正常。以为直接将画布拉宽就行，但没有变化。。。
image.png
- code
library(ChIPseeker)
library(org.Hs.eg.db)
library(TxDb.Hsapiens.UCSC.hg38.knownGene)
library(clusterProfiler)
library(VennDiagram)
library(stringi)
txdb <- TxDb.Hsapiens.UCSC.hg38.knownGene
# devtools::install_github("tomwenseleers/export")
library(export)
library(ggplotify)
setwd("E:\\单细胞\\HZAU_scChIP\\测试CUT&Tag\\Fig5_peak注释结果")
##
peak <- readPeakFile("ENCFF465EGH.bed")
# covplot(peak, chr = c("chr1", "chr2"))
peakAnno <- annotatePeak(peak, tssRegion = c(-3000, 3000), TxDb = txdb, annoDb="org.Hs.eg.db")
## 基础pie
plotAnnoPie(peakAnno)
## 转换成ppt
graph2ppt(file="effect plot.pptx", width=7, height=5)
## 转换成ggplot
p1 <- as.ggplot(~plotAnnoPie(peakAnno))
p1
实践：
1.发现画bar 图一切正常，并且是一个ggplot2 对象，可以直接修改主题；pie 使用的pie 函数画的，基础绘图。https://github.com/YuLab-SMU/ChIPseeker/blob/master/R/plotAnno.R
-
首先我们画ggplot2 时候，画板面积太小，可能导致文字叠加问题，手动调整大小就可以；基础语法的pie 图，我们拉宽画布，查看效果，还是存在叠加想象
image.png
image.png
- 怎么让它显示正常呢，可以拉宽画布，在运行一次饼图函数。
plotAnnoPie(peakAnno)
image.png
2.尝试用ggplotify 包解决问题
-
我对基础语法，理解不深刻。运行后出现报错
image.png 如何需要转换成ggplot2 语法，可以这样操作
p1 <- as.ggplot(~plotAnnoPie(peakAnno))
p1+ theme_bw()
image.png
3.export 包使用
- 对于图例和饼图存在叠加情况，用基因语法画图，及时导出为ppt,还是无法显示被覆盖区间的内容。可能是ggplot 和 基础语法 画图差异。
-
但是导出ppt ,取消组合，日常修图可以胜任的。
image.png
image.png
思考
-
ggplotify可以将base plot 转换成ggplot 对象。as.ggplot(~plotAnnoPie(peakAnno))，要加上~波浪号 - export 转换成ppt ，完成日常修图
- ChIPseeker里面
plotAnnoPie基础语法绘图；plotAnnoBar使用ggplot 语法绘图
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