CentOS7和Rstudio server安装LAPACK library、JAGS、rjags 和 inferCNV

1. 安装BLAS和LAPACK library

• 首先非常感谢参考文章(前两步都是参考这篇文章)inferCNV centos服务器安装失败解决 - 简书 (jianshu.com)， 过程如下：

sudo yum install blas-devel lapack-devel

2.安装JAGS

• 下载JAGS安装包

wget https://ftp.debian.org/debian/pool/main/j/jags/jags_4.3.2.orig.tar.gz

• 解压缩

tar -xzvf jags_4.3.2.orig.tar.gz
cd JAGS-4.3.2

• 安装

./configure --libdir=/usr/local/lib64
make -j 20 && make install 

3.安装rjags

• 首先，在Linux终端，输入以下命令，如果显示jags的版本，则jags安装成功：

pkg-config --modversion jags

• 如果您的系统没有pkg-config，则需要安装pkg-config，再次运行以上命令;
• 下一步，在浏览器里连接Rstudio server；
• 在R里设置环境变量，保险起见，我设置了三个，如下：

Sys.setenv(LD_LIBRARY_PATH = "/usr/local/lib64/JAGS/modules-4/")
Sys.setenv(LD_RUN_PATH = "/usr/local/lib64/JAGS/modules-4/")
Sys.setenv(PKG_CONFIG_PATH="/usr/local/lib64/pkgconfig")
install.packages("rjags", configure.args="--enable-rpath")

• 理论上就可以安装成功了。

4.安装infercnv

if (!require("BiocManager", quietly = TRUE))
    install.packages("BiocManager")

BiocManager::install("infercnv")