要想真正用好番茄工作法，其中的规则必须遵守，才能达到理想效果。
一个番茄钟不能中途打断，它标志着25分钟纯粹的工作。一个番茄钟不能分割，不存在有半个番茄钟、四分之一番茄钟这样的事情。如果番茄时间内被某人某事打断，则该番茄钟视为无效，就像从未开始过，然后你应当重新开始一个全新的番茄钟。
番茄钟走到响铃时，在你正在做过的工作旁边标出一个记号，然后休息5分钟。当番茄钟响铃的时候，则表明当前的工作被强制完成了，每四个番茄钟，停下你正在做的活动，休息一段稍长的时间，10到15分钟左右。继续工作，一个番茄接着一个番茄，直到手头的任务完成，然后在去分析今天的工作情况。
