在 el-upload 组件上传多个文件并提交保存后，可以通过以下步骤清空已上传的文件：

1.在 el-upload 组件上添加 ref 属性，例如：<el-upload ref="upload"></el-upload>

2.在保存成功后，通过 this.$refs.upload.clearFiles() 方法清空已上传的文件。

完整示例代码如下：

<template>
      <el-upload
        ref="upload"
        action="/upload"
        multiple
        :on-success="handleSuccess"
      >
        <el-button slot="trigger">选择文件</el-button>
      </el-upload>
</template>
    
<script>
      export default {
            methods: {
                  handleSuccess(response, file, fileList) {
                        // 提交保存成功后清空已上传的文件
                        this.$refs.upload.clearFiles();
                  }
            }
      };
</script>

注意：clearFiles() 方法只会清空已上传的文件，而不会清空待上传的文件队列。如果需要同时清空待上传的文件队列，可以使用 clearQueue() 方法。