在Ubuntu 16系统执行
1.安装miniconda
wget https://repo.continuum.io/miniconda/Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh
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bash Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh
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按照提示按回车键ENTER
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输入yes
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按回车键ENTER，miniconda2将安装在/home/czh/miniconda2 这个路径
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安装过程中询问你是否将miniconda2添加到环境变量中，输入yes将自动添加到环境变量中，如果你不小心按了回车键ENTER，则不会自动添加到环境变量中，后面需要自己手动添加。
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看见Thank you for installing Miniconda2! 表明安装完毕。现在输入conda检测一下安装成功没，发现报错并没安装成功，因为上一步添加环境变量后，没有刷新环境变量bashrc这个文件，这时候输入 source ~/.bashrc， 再输入conda，则发现无报错安装成功！
#设置conda的软件下载频道，华东或华中地区推荐使用中科大镜像，清华镜像也可，根据你的网络所在地选择。
conda config --add channels https://mirrors.ustc.edu.cn/anaconda/pkgs/main/
conda config --add channels https://mirrors.ustc.edu.cn/anaconda/pkgs/free/
conda config --add channels https://mirrors.ustc.edu.cn/anaconda/cloud/conda-forge/
conda config --add channels https://mirrors.ustc.edu.cn/anaconda/cloud/msys2/
conda config --add channels https://mirrors.ustc.edu.cn/anaconda/cloud/bioconda/
conda config --add channels https://mirrors.ustc.edu.cn/anaconda/cloud/menpo/
conda config --add channels r
conda config --add channels defaults
conda config --add channels conda-forge
conda config --add channels bioconda
conda config --set show_channel_urls yes
#查看一下所设置的频道
cat ~/.condarc
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2.使用miniconda安装软件
#以构建转录组分析环境为例，安装转录组拼接软件trinity，先在软件库里搜索trinity。
conda search trinity
![]()
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搜索结果显示trinity多个版本和存放频道，conda默认安装最新版本，也可以安装特定版本。
创建名为RNA_seq的虚拟环境，并安装trinity在该环境中。
conda create -n RNA_seq trinity
![]()
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过程中会询问你是否下载这些包进行安装，输入y 继续安装。
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出现上述界面表明安装成功
#激活RNA_seq虚拟环境
source activate RNA_seq
#检测trinity是否安装成功，无报错出现帮助信息，说明安装成功。
Trinity -h
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关闭RNA_seq虚拟环境
source deactivate
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在RNA_seq虚拟环境中继续安装转录组相关软件bowtie2
conda install -n RNA_seq bowtie2
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bowtie2安装成功后，再次激活虚拟环境RNA_seq
source activate RNA_seq
检测bowtie2安装是否成功
bowtie2 -h
检测trinity是否正常
Trinity -h
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