2021-03-12 AgBase,农学蛋白GO注释的神奇网站

1、官网——https://agbase.arizona.edu/——现在看来有点鸡肋,只能进行GO注释但是没办法分析(应该是我太菜了,不会操作)

这个网站是用来做GO基因注释的,主要面对的是农学的动植物,最好用的功能就就是基因注释。因为动植物的GO注释都少且不全,所以这里可以直接通过蛋白产物来进行注释,而不用经过基因。(其实很多地方也可以直接吧UniPort蛋白ID当做基因ID用)

我是用来做蛋白组学的分析,搜完库,找到差异蛋白之后因为UniPort对应的geneID格式太乱了,并且很多不是标准命名规范,也不能用,不能作为中间媒介在进行GO注释,所以用这个网站来进行GO注释。

2、点击Tools

网站工具

这些工具都是配套的,先用GORetriever,上传一列蛋白list.txt文件,进行注释,(注释有很多选项可以选),会得到四个不同文件。

GORetriever
得到四个文件

第一个文件是最用有的文件,包含了所有注释信息,可以用Excel打开。第二个文件是没有进行注释的蛋白list,因为没有相关注释,这个时候,可以用GOanna,通过序列相似来进行补充注释。第三个文件时标注了蛋白-GOTerm-BP/CC/MF(即GO注释的分类),可以用GOSlim Viewer打开。第四个文件就是输入的蛋白list与你所选中的数据库对应情况。

第一个文件里还有基因名,虽然也缺,根据uniport来的。

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