关于陈洪绶的去世，传记的说法均是“以疾卒”，后来则又冒出“不良死”（即“黄祖之祸”，受迫害致死）一说，于是他的死亡渐渐成为一个谜。
“以疾卒”的记载
孟远《陈洪绶传》：“岁壬辰，忽归故里，日与昔时交友，流连不忍去。一日趺坐床箦，瞑目欲逝。子妇环哭，忽戒：‘无哭，恐动吾挂碍心。’喃喃念佛号而卒。”
朱彝尊《崔子忠与陈洪绶合传》：陈氏“以疾卒”。
《清史稿本传》：“鼎革后……语及乱离，辄恸哭，后数年卒。”
陈传席1989年出版的书中对陈洪绶的死写道：“顺治九年（1652）初，陈洪绶离别是非之地杭州，回到绍兴，大概他已感到气力不逮，一日，坐在床上，闭目念着佛学……默默地离开了人世。”
