必须强推一波花花小洁老师的教程，可以说是我见过最简洁易懂的，一步一步教你操作，贴心的考虑到了很多的失误情况，可以提前规避，节约了很多时间。

Step.1 conda--“linux的应用商店”

图片.png

Step.2 下载miniconda

wget https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/miniconda/Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh

sh是脚本（就是一个程序，后台的代码）文件的后缀，也就是说其实这是一个下载的脚本，如果你安装失败了，这个脚本是不需要重新下载的，还是可以用的。

Step.3 安装和配置miniconda

• 脚本安装成功后

bash Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh

之后按照说明点enter/YES

• 最后需要激活

source ~/.bashrc

命令行输入conda，出现满屏的信息说明成功了

• 添加镜像

conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/pkgs/free
conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/conda-forge
conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/bioconda
conda config --set show_channel_urls yes

Step.4 使用miniconda

• 查看已安装列表

conda list

• 搜索软件(以fastqc为例)

conda search fastqc

-安装软件(加上 -y是自动安装)

conda install fastqc -y

但是有的软件新版本bug比较多，可能需要用到老版本，要指定版本号

conda install fastqc=0.11.7 -y

• 卸载软件

conda remove fastqc -y

彩蛋内容：conda 环境（这一部分还需要后期的理解）

生信实战中，需要分析转录组、基因组组装、重测序等多个项目。
每一个项目都需要不同的软件，另外软件之间的结合也是需要版本要求的，比如A项目你需要用a软件V 1.0版本，但是处理B项目又需要用到a软件的V 1.5版本，怎么办？
--别想了，办法就是分身！！按照你的项目，定制不同的分身，安装不同的软件，互不干扰。这个分身就是不同的“conda environment”
from 生信星球

• 查看conda有哪些环境

conda info --envs

前面带*的就是默认的

• 建立一个名叫rnaseq的conda环境，然后指定python版本是3，安装软件fastqc、trimmomatic

conda create -n rna-seq python=3 fastqc trimmomatic -y

• 激活新的conda环境

conda activate rna-seq